当前，在“县管校聘”制度下，我国农村义务教育阶段师资结构问题主要表现在以下几个方面：义务教育师资结构缺乏“均衡性”。近年来新进教师性别比例失衡严重；义务教育师资配备缺乏“全面性”，地区之间教育经费和教育基础设施建设投入不均衡，新城区以及新兴城镇内超大班额、特大班额问题十分严重；义务教育师资培养缺乏“针对性”，教师队伍老龄化严重，专业学科优秀教师短缺，高等师范院校与中小学校交流互动存在真空，培养年轻教师队伍缺乏针对性、定向性。教师配置制度和合理流动制度未能建立起来或未严格执行。一是教师的分布极不平衡。各地均出现了城市的重点中小学教师普遍超编，农村贫困地区的普通和薄弱中小学教师严重短缺的问题；同时也出现了一面尽力解决民办教师问题，一面又大量招聘代课教师等矛盾现象。二是教师的合理流动缺少可行的制度。许多地方教师的余缺即使在县乡内部也不能有效调节，从而严重影响了教师资源的使用效率。
（三）农村教师队伍建设问题突出，成为制约义务教育发展的主要因素
2006年全国仍有约31万名教师未达到国家规定的学历。代课教师现象并非西部地区所独有，但问题最为严重的还是西部的贫困地区。到2007年年底，全国中小学的代课人员是37.9万人。农村小学和初中教师中高级职称比例偏低：2004年，全国农村小学高级教师的比例为35.9%，农村初中中教一级及以上教师的比例为32.3%，分别比城市低8.9%和14.5%。小学高级教师的比例、初中中教一级及以上职称教师的比例，东、西部地区都相差12%。
农村学校用人制度和教师补充机制不规范。一些地方还存在着政府部门长期借**师和占用教师编制，基层政府将农村学校作为分流、安置人员的主要渠道的现象。农村中小学沉淀了大批顶编不顶岗、顶岗不顶用而又动不了、流不出的人员。一些经济欠发达地区由于教师工资占当地财政供养人口的基数较大，财政压力较大，长期有不补正式公办教师，而大量使用代课人员的现象。一些地方县级教育行政部门统筹管理教师的职责没有完全落实到位，难以统筹调配教师资源。
农村教师待遇和生活水平仍然偏低，教师待遇中地方出台的津贴、补贴难以落实到位，大部分地区没有建立起农村中小学教师医疗保障制度。一些地区农村教师的住房十分紧缺，甚至城镇到农村支教的教师的周转住房都不具备。农村还有大量的教学点，地点比较分散，学校没有一定的规模，不可能配备足够数量的教师，开不足国家规定的课程。为解决上述问题，国家在2003年至2007年采取了一系列措施，创新农村教师补充机制，农村教师队伍整体素质进一步提高，高学历和高级教师的比例提升明显，城乡之间教师学历合格率差距缩小。实施农村义务教育阶段学校教师特设岗位计划，两年共从应届大学毕业生中招聘特岗教师3.3万名，覆盖了12个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团395个县级单位的4074所农村中小学，缓解了“两基”攻坚地区教师不足、素质不高的问题。教育部直属师范大学试点师范生免费教育，为农村中小学培养高水平的教师，所需经费由中央财政安排。通过以上措施的实施，农村地区小学专任教师学历合格率进一步提高。
