由于历史的、现实的原因，义务教育还存在着严重的不均衡现象，如区域发展不均衡。从全国范围看，义务教育的非均衡发展集中表现为东部与中西部地区之间教育发展水平的差异，并兼有不同程度的南北地区差异；城乡之间和学校之间发展不均衡。不仅城乡之间“普九”存在着很大的差距，即使是同一城市中不同的学校之间（重点校、普通校、薄弱校）“普九”的差距也十分明显；“普九”督导评估制度相对滞后，验收标准不统一。义务教育现有的督导评估体系以选拔为主要目的。评估标准缺乏必要的教育基准，评价过程中主观性因素很多，最终导致义务教育质量参差不齐。评估内容方面，重外在形式轻实质内容，重数量轻质量。评估方法、方式，重结构轻过程。评估对象方面，重学校轻政府，把义务教育纯粹视为学校行为，忽视了对政府应尽义务的督导和评估。不仅如此，各地还自行制定验收标准，特别是在一些经济欠发达地区，普及义务教育的验收标准往往低于经济发达地区，这是我国不可回避的现实问题。就核算生均校舍建筑面积一项来看，同样面积的校舍东部地区的质量远远高于西部地区。单就西部地区比较，经济条件好的地区，其校舍质量高于经济条件差的地区。硬件建设在不同地区也存在不同的质量差别。初中毛入学率按规定应连续三年达到95%，而有些地区的验收带有很大的突击性，只要当年达到95%、较前两年有所增长就可以了。有些地区验收时还存在弄虚作假的现象，进而掩盖了义务教育普及中存在的问题。
从《国家教育督导报告2005》公布的情况看，生均拨款水平中、西部地区过低，与东部地区的差距进一步拉大。2004年，初中生均预算内教育事业费东部地区平均为1874元，西部地区为1017元。初中生均预算内公用经费东部地区平均为304元，西部地区为121元。与2000年相比，初中生均拨款东、西部地区之比均有所扩大。小学情况也与之类似。2004年中部地区小学、初中生均拨款均低于西部地区，其中生均预算内公用经费约低20%，与东部地区的差距则更大。全国尚有113个县（区）的小学、142个县（区）的初中生均预算内公用经费为零，其中85%以上集中在中、西部地区。生均教学仪器设备配置水平，农村和中、西部地区依然较低，城乡间、地区间差距均较大。2004年，小学生均教学仪器设备值农村为167元，城乡之比为2.9∶1；初中生均教学仪器设备值农村为269元，城乡之比为1.4∶1。2004年，小学生均教学仪器设备值东部地区为382元，中部地区为266元，西部地区为213元。初中生均教学仪器设备值东部地区为474元，中部地区为289元，西部地区为242元。
中级及以上职称教师比例的差距较大。初中、小学中级及以上职称教师的比例是反映教师队伍整体水平的一个重要指标。这一比例的城乡、县际差距较大，分布不均衡，初中尤为突出。各省农村初中中教一级及以上教师比例普遍低于城市，城乡差距过大，有27个省（自治区、直辖市）超过10%。城乡差距较大且农村初中中教一级及以上教师比例较低的省（自治区、直辖市）主要为浙江、北京、山西、重庆。据《国家教育督导报告2005》记述，2004年，绝大多数省初中中教一级及以上职称的教师比例县际差距更大，有28个省（自治区、直辖市）超过20%，其中有16个省（自治区、直辖市）超过30%。从《国家教育督导报告2005》的分析中可见，当时我国义务教育存在严重的区域之间的不均衡，东、中、西三个地区的生均教育经费、生均教学仪器设备值、教师的配置状况差距较大；城乡之间义务教育的发展也存在着较大的不均衡。
