其次，农村教育投入不足，投资结构需不断完善。教育经费问题一直是困扰我国农村义务教育发展的瓶颈问题。由于资金短缺，我国农村中小学的教学硬件设施方面，普遍存在教学仪器设备数量不足、质量不高、校舍面积偏小、危房率高、图书达标率低等问题。全国农村仅有一半左右的中学和乡镇中心校建立了实验室，而绝大多数的实验室的仪器配备尚不完善，且利用率极低。此外，农村教育经费还存在政府随意挪用的现象。例如，南昌市审计局组织4个县审计局重点对该市的4县2005年度义务教育经费进行了审计。审计发现，4个县财政、教育主管部门、税务和中小学校挤占、挪用、滞留各类教育资金441.07万元。一是挤占挪用学校收费等预算外资金246.73万元，用于平衡财政预算、发放教职工补贴等。二是有的财税部门从县教体局教育费附加中直接提取手续费22.85万元。三是部分乡镇挪用上级教育专项资金14.5万元，用于乡镇经费开支。四是教育行政管理部门及所属单位将本应取之于学生、用之于学生的各种教育回扣、代办劳务费等156.99万元占为己有，用于本部门本单位经费开支。[30]当前农村义务教育学校标准化建设水平并不高，以每百名学生拥有计算机台数为例，2014年农村小学为6.481台，同期城镇小学为8.579台，可见农村学校的教学实验仪器设备拥有率仍落后于城镇学校。以生均拥有固定资产为例，2014年农村小学生为0.726万元，同期城镇小学生为0.732万元，考虑到近年来城镇化的快速发展，城镇学校人数远多于农村，所以城镇学校拥有固定资产的绝对值远高于农村学校。[31]正是由于农村义务教育阶段投入经费与投资结构上的不足，导致农村义务教育学校标准化建设任务依然艰巨，整体指标均不同程度落后于城镇。
再次，农村教师队伍发展水平较低，欠发达地区学校的师资力量薄弱，这是一个不争的事实。由于地理环境、生活条件、工资待遇等方面的原因，导致农村师资力量总体薄弱，素质偏低。从教师数量上看总量不足，特别是专任教师较为缺乏；从教师的学历层次来看总体偏低，大部分教师的最高学历只是专科或中专、中师，本科学历的教师所占比例相对较少；从教师教学能力来看有待提高，农村义务教育教师队伍中除了拥有合格学历的老师教学外，很多地方还有代课教师，不仅很多代课教师不能胜任教学工作，就是正式的教师不能胜任教学工作者也大有人在。除此之外，在农村，教师队伍不稳定，也是导致教师力量薄弱的重要因素。农村义务教育不用说对优秀人才有多大的吸引力，就连自己培养的教师也无法留住，优秀教师流失现象十分严重。
