课程的体系结构是涉及课程领域各方面的关键。改革开放40年以来，在广大教育工作者的共同努力下，我国的义务教育课程结构在不断变革中取得了不少成绩，尤其在改革课程结构过分强调学科独立、纵向持续、门类过多和缺乏整合等方面，取得了一定成效。但是，其研究和实践中也存在一些困惑与问题，阻碍了改革的进一步实施，需引起重视，主要表现在以下几个方面。
（一）选修课程
无论是学术性选修课、技术性选修课还是趣味性选修课的开设，都有利于促进学生富有个性的发展。另外，选修课的开设也为教师提供了一个拓宽专业知识、更新知识结构的发展平台。但是，我们也应保持足够的理性，清醒地看到实施过程中存在的问题。
一是认识上的偏差。有个别教师对开设选修课存在认识偏差，认为选修课是“花架子”，与必修课争时间，会影响必修课的教学效果。选修课与必修课在教学目标、教学方法和课堂结构上都有所不同，但有些选修课一节课内不是讲习题，就是做实验，变成了必修课的延伸和补充，说是选修课，实为辅导课。这种名不副实的选修课无疑违背了初衷。这就需要学校领导注重引导教师转变思想观念，认识到选修课在全面贯彻教育方针、提高师生素质中的重要作用，将选修课放在应有的地位上。
二是教师素质和水平的局限。学校能不能开设选修课，能开设多少选修课以及如何开设好选修课等，都要依靠教师来落实。因此，学校开设选修课对教师的知识结构和能力水平是个很大的考验。选修课涵盖范围较大，要求教师具备更广阔的知识面，对于现阶段的一些教师来说具有一定难度。另外，相对于必修课，选修课工作量大，因成型的资料比较少，多靠大量阅读课外读物和有关资料来积累素材。编写一个选修课教案往往要两三天甚至更长时间，教师在准备时需付出更多的精力，这无形之中加重了教师的负担。建议将选修课作为教师的工作量，纳入学校常规管理中去，并建立合理、科学的激励机制，选修课低效现象将会有所改观。
三是缺乏正常的教研活动。由于选修课缺乏教材和教学大纲，加上选修课门类多，且多为“单兵作战”，难以组织恰当的教研形式，使教师之间无法进行学术交流和探讨。教育行政部门和学校也没有健全的选修课评估体系和激励机制，因而在具体操作中有较大的随意性和无序性，甚至使选修课流于形式。有关部门应建立切实可行的评估体系和激励机制。同时，要加强教师之间、校际之间的联系、交流和合作，共同探讨选修课的目标管理和教学规律，使选修课教学逐渐步入正轨，使之有序，提高其教学效益。
（二）活动课程
活动课程作为一种独立的课程形态，走过了一段有目共睹的反复性历史，时至今日，它已经不再是最初的形态，而是在实践的流变过程中同学科课程形成了优势互补的局面，但同时也在理论和实践上产生了一些容易混淆的现象，尤其在我国当下的教育环境中，我们更应对此予以关注，以促使活动课程健康发展。
在活动课程实施的过程中，有三种错误倾向。
一是流于形式。一些学校把实施活动课程看成是必须完成的任务，或者是扩大学校声望的工具。在这种情况下，活动课程必然流于形式，学校既将活动课程的时间任意挪为他用，也不能很好地保证活动课程的质量。
二是学科化倾向。活动课程不等于学科课程，在理论上无须争辩，但由于学科教学的观念在教育领域已根深蒂固，因此面对活动课程，教师出于主观愿望或受限于客观条件，都自觉或不自觉地将活动课程学科化。如活动课程内容的设计拘泥于学科课程的范畴，深度有余，广度不足；活动课程内容的组织套用学科课程的逻辑，“教科书化”现象严重；活动课程管理在思维上难以超越学科课程管理模式，封闭有余，开放不足。
