在一千多年的历史上，书院大部分时间都是藏书出书、进行教育活动和发展文化的场所，虽然也有其局限，但总体而言，书院的积极意义还是主要的。书院原是中国的特产，自从唐代产生后，逐步发展，到清代已成为教育教学的主要场所。韩国、日本、越南等国历史上也曾受中国影响建立过众多的书院，因此书院是一种东方型的教育组织形式。宋代和明代的一些著名书院，在教育和教学方面形成了一些特点，如注重教学和研究相结合，注重自动自主的学习，门户开放，采用“讲会”等形式进行学术交流，师生关系较为融洽等。书院曾培养了大量的人才，并在推行德治、保存学术、普及教育等方面起过积极的作用，因此在中国文化史和教育史上占有重要的地位。
书院与科举可以说都是中华文明的产物，是在中国古代独特的文化土壤中生长出来的。但到了19世纪西学东渐以后，处在清末“数千年未有之大变局”的时代，中国许多传统的制度在欧风美雨的冲击之下都逃脱不了被彻底否定的命运，传统教育的许多方面都不得不进行脱胎换骨的转型。书院与科举的命运十分类似，两者是被“捆绑”在一起的。19世纪末，改革科举和书院的议论蜂起，当时许多有识之士也对书院的弊端大加抨击，到戊戌变法期间达到**。康有为不仅在1898年6月17日奏过《请废八股试帖楷法试士改用策论折》，而且在该年7月3日也上过《请饬各省改书院**祠为学堂折》，指出我国各直省及府州县都有书院，多则十数所，少则一二所，可惜所课皆八股试帖之业等无用之学，请求将书院改制为新式学堂：省会大书院改为高等学堂，府州县书院改为中等学堂，义学、社学改为小学堂。光绪皇帝很快采纳了康有为的建议。这是清廷在改革科举制、废止八股文的背景下所进行的书院改制尝试。
随着戊戌政变的发生，光绪帝和康有为君臣改革科举和书院的努力宣告失败。但经过庚子事变的深痛巨创，慈禧太后痛定思痛，到1901年实行新政，基本上将戊戌变法期间提出的各项改革都付诸实施。废止八股文、废武举，正式改书院为学堂，基本上是同步发生的历史事件。1901年将传统的中式书院改为西式学堂，成为1905年废科举兴学堂的前奏。1901年是张之洞带头上奏改书院，1905年也是张之洞带头上奏废科举。
清末多数书院都变成应举备考机构，教学内容以儒家经史辞章为主，相对不重视自然科学类知识，多以应科举考试为办学目的，被人们视为与学习西学为主的学堂相对立的旧学的堡垒，属于落后的机构和名称。而引入西学的近代学堂，则被看成新学的象征。光绪二十七年（1901年）五六月间，湖广总督张之洞、两江总督刘坤一联名上奏《变通政治人才为先折》中说：“成事必先正名，三代皆名学校，宋人始有书院之名。……今日书院积习过深，假借姓名以希图膏奖，不守规矩动滋事端，必须正其名曰学，乃可鼓舞人心，涤除习气。”[5]清政府改书院的上谕就是采纳了张之洞的建议。在当时特定的时代背景中，尽管有的新式书院实际上是在教育新学，但似乎学堂就代表进步，书院就代表落后，因此才会将全国书院全数改掉，完全不留书院的名称。与1901年科举考试内容改为西学仍不能根本改变科举制的强大惯性类似，从学习内容上进行局部更新，也没能够彻底改变书院以传统学问为主的性质，结果无法逃避被革命的结局。
