国民政府对晓庄警戒的另一原因是，陶行知与冯玉祥的关系密切。冯玉祥早就是著名的反蒋军阀巨头，一直援助晓庄办学。蒋介石似乎警觉到这个在南京眼皮底下的学校必将成为反蒋活动的据点，因而对它恨得要命。冯玉祥、陶行知都是安徽省人。1927年冯先生任河南省政府主席时，欲聘请行知作省教育厅厅长，行知拒绝了这一请求。后受冯先生的邀请，访问了河南省，在那里滞留数周。为冯先生视察了该省，帮他出了些主意后就返回晓庄。1928年夏，冯先生率部下数人回访了晓庄。在行知的诗集里，早在晓庄建校前就写有《读冯焕章先生诗》[42]。1930年以后，行知也经常向冯先生及其夫人李德全问安。冯先生在1930年春与阎锡山联合，对蒋介石发动了大规模军事行动。南京的罢工正是在蒋帮同反蒋的军阀内战有扩大趋势的背景下爆发的。
有人评论冯玉祥将军是一直打着反蒋大旗，而巧妙地利用外国势力的“投机主义”军阀典型，同时，又亲切地称他基督将军。他既是军阀首领，又有人道主义的一面，作为对同乡人的关心，他一直给予行知的教育事业以充分的理解和深切的同情。
南京国民党政府在“四一二”反革命政变中，血腥镇压共产党和自由主义者，执行了彻底的反共政策，因此对晓庄的学生、指导员中的共产党员，当然不会等闲视之。不知什么时候晓庄建立起共产党的基层组织。1930年2月，在上海“中国人权自由保障大同盟”刚成立，党员们就立即建立了它的分会。同年4月，组织支援英资工厂工人罢工和游行示威的，就是他们。中国人权自由保障大同盟是一个包括鲁迅在内的，反对国民党独裁统治的知识分子组织。该组织很快就遭到了镇压。只是参加活动的知识分子，几乎还是原班人马，于当年的3月组成了中国左翼作家联盟。3月2日国民党浙江省党部请示南京政府，要求逮捕“反动文人鲁迅”。南京首都卫戍司令部于4月7日发出封闭晓庄师范学校的命令，12日国民党政府下令逮捕校长陶行知。
躲避在上海租界的陶行知，不久便流亡日本。离开晓庄的，被追查的指导员、学生中，国民党抓走了数名共产党员，并以“反革命分子”之罪枪杀了。
晓庄的功业，通过南京、上海的新闻界传遍全国之后，非官办的乡村师范的实验便在各地试行，因而与乡村师范联系在一起的“陶行知主义”得以盛传。在这样的声势中，也有人挖苦说晓庄学校既有国民党，也有共产党，说不定还有国家主义派的人。校长是集乌合之众为一体的“五色陶行知”。
陶行知面对这个问题，是这样回答的：
“我的愿望，是为中国和农民服务。这一点只要与我一致，那么不管包括多少色彩；我都能容忍，这就是我的生活准则。”
晓庄解体之后，在上海租界的一隅，有数名指导员、学生围着从日本潜回上海的陶行知座谈，回顾晓庄三年多来的生活。
大家踊跃地发表议论。一位指导员说：
“晓庄是否犯了‘极左’错误？”
一位学生厉声反驳道：
“晓庄的教育是反对封建的传统教育和毫无现实意义的洋化教育，目的是为人民建设一个新社会。这无疑是一种革命，反封建、反帝国主义的实际革命运动正在进行，这个革命教育的具体表现，当然就是我们的晓庄。这个革命的教育运动倘若不同实际的革命运动相结合，岂不可笑？”
