从某种程度上说，学校特色建设过程就是一个进行教育科研的过程。学校要办出特色，必须有自己的特色理论，用以指导其办学行为，确保学校特色沿着正确的方向前进。一些地方的成功经验也证明，只有把学校特色建设实践置于理论研究引领之下，才能达到预期目标。重庆市沙坪坝区聘请西南大学、重庆师范大学、重庆市教育科学研究院、重庆市教育评估院等高校、科研院所专家，构建了包括区教师进修学院研究人员、中小学校长参加的学校特色建设研究指导小组，具体指导学校的创建工作。同时各学校也成立了特色学校建设科研课题的研究组织，组织管理，开展研究和实验。天津市各区县和基层学校围绕特色高中建设做了颇多探索，许多学校把普通高中多样化特色发展列入“十二五”科研课题进行研究，专家团队对特色高中建设工作起到了很好的专业引领作用。南京市在推动高中特色建设中，以江苏省教育科学“十一五”规划重点课题《以普通高中多样化建设促进素质教育创新发展研究》为契机，积极研究高中多样化理论，开展决策调研，为高中特色建设提供理论支持。
3.重视相关人员培训
为了保证高中特色建设的顺利进行，教育行政部门应该加大对相关人员的培训力度，以便统一思想、引领学校在正确理论指导下走上健康发展的道路。教育行政部门要加大教育行政管理人员、校长和教师培训工作力度，设计普通高中特色发展的专题培训项目，采取走出去、请进来等多种形式学习兄弟省市的特色高中建设经验，定期组织校际研讨，提高管理队伍和教师队伍素质，为特色高中建设提供人才保障。例如，天津市为进一步做好工作、统一大家认识，2011年5月，市教委组织参与特色高中建设项目的校长参加“特色高中建设项目培训会”，会上对《天津市特色高中建设实施方案》做了全面解读，专家就特色高中建设的理论和实践问题进行了专题培训；市里还组织专家们在半年多的时间内多次深入20多所学校，指导各校的创建工作[12]。再如，北京市教委为了有力推进高中特色建设，举办“祥云行动——高中校长办学特色建设实施项目”，对所有高中正职校长、教学校长、德育校长进行专题培训，提升他们的特色建设能力。再如上海市长宁区作为上海高中特色建设示范区，其教研制度建设成为促进教师主动践行特色建设的重要保障。该区明确区、校、教师三级责任分工，建立三级六层教师教育培训格局，针对全体教师、新教师、骨干教师构建了完善的研训制度，长宁中学、复旦中学等特色学校跟进区域制度，构建本校教研制度和机制，助推教师成为高中特色建设的主动践行者。[13]
4.政府引导学校主动选择
在各地推动普通高中特色发展实践中，都普遍强调政府引导与学校自主相结合。由于我国普通高中以公立学校为绝对主体，政府掌控着教育资源配置的权利。发挥政府的引导作用要求政府调整教育资源配置的思路，引导学校从目前的分层发展向分层发展与分类发展并重，形成学校发展的合理定位，满足学生和社会不同的需求；政府要通过运用政策、标准、人事和财政等多种手段，引导学校实现由行政主导型发展向自主能动型发展的转变[14]。
发挥学校自主作用，则要求学校根据各自的资源优势与未来发展可能，创新学校发展思路，增强自主发展和特色发展的意识，变被动完成政府推行的各项改革任务为主动创新，不断提高创新能力，实现学校的自我超越。
