《卢贡-马卡尔家族》的副标题是“第二帝国时期一个家族的自然史和社会史”。所谓“自然史”，即谓作品乃是“对一个家族血缘遗传与命定性的科学研究”。[1]这样的立意，对文本的效应有二。首先，作为结构枢纽，以一个家族的血缘延续使整套作品保持连续性；其次，提供生理遗传之历时性研究的对象。左拉认为，小说家是人的情欲的知识的法官，情欲有其内在决定因素。卢贡-马卡尔家族许多成员特异的情欲，导源于家族的病理遗传。小说写了家族五代人（重点是第三、四代）的命运。第一代祖宗阿黛拉薏德·福格患有癫狂症和**症，先是嫁给神经正常的园丁卢贡为妻，生一子；丧夫后与神经不健全、酗酒成性的私货贩子马卡尔姘居，生一子一女。卢贡一支，后代多数健康正常，不少人挤进了社会上层；马卡尔一支，后代大多有程度不同的精神疾病或酗酒倾向，多数人沦入社会底层。左拉的科学主义认识论决定了他把生物性当作观照人与社会的基本角度，也就是说，生物性是他描写人与社会的前提。《娜娜》和《家常事》（1882）从性本能的角度展示贵族与资产者的道德沦丧；《小酒店》把劳动者的堕落归因为酒精中毒；《人兽》（1890）主人公因家族遗传而成为嗜杀狂；《萌芽》（1885）的反抗斗争导源于阶级的生存竞争；《崩溃》（1892）中的战争带有生物界那种盲目地互相残杀的意味。总之，左拉在这套小说中“要展示的就是生物意义上的人怎样互相联系、互相争斗，并形成一个具有生物性联系的社会，这个社会又怎样制约这些人。”[2]显然，“自然史”的研究是“社会史”研究的起点和贯穿始终的主线。
所谓“社会史”，是说整个小说系列乃是对整个“第二帝国”时代法国社会生活的研究。从1851年“政变”起（《卢贡家的发迹》），至1871年普法战争结束止（《崩溃》），《卢贡-马卡尔家族》反映了拿破仑三世统治时期一系列重大历史事件；通过分散到各阶层的家族成员活动的描写，作品几乎描绘了法国社会生活的所有方面，刻画出1200多个人物，提供了“一个充满了疯狂与耻辱的时代”[3]的极为生动形象的风俗长卷。在这幅巨型画卷中，首先，人们可以从政治生活和道德风貌方面，看到“第二帝国”的腐朽本质。《卢贡大人》（1876）、《贪欲的角逐》（1871）等作品，勾画了大小官僚结党营私、玩弄权术、既倾轧又勾结的丑恶嘴脸；《金钱》（1891）中，权贵们私生活的糜烂供出了灵魂的卑鄙：拿破仑三世一夜风流、一掷十万，高等检察官与金融家为一个女人而像狗一样狂吠；《娜娜》更展示了精神、道德的普遍堕落：妻子公然与情人来往，兄弟轮番邀宠于娜娜，翁婿在同一妓女**鬼混。其次，垄断组织这个标志着“第二帝国”向帝国主义过渡的突出现象也得到表现，如《妇女乐园》（1883）和《巴黎之腹》（1873），就形象地描绘了大百货公司、大菜市场的发展壮大与垄断形成的过程，展示了它们雄厚的物质力量与新的经营方式，同时也表现了旧式小经营者在强大压力下破产的命运。再次，伴随着垄断企业的出现，一种新的经济形态即股份公司、股票交易所也在法国涌现，《金钱》就反映了这种新的社会特征。主人公萨加尔通过组建“世界银行”，垄断金融，操纵股票市场，但最后在竞争中败北，使得千百万储户被拖入绝境。最后，在描写政治和经济活动的同时，左拉也把目光投向了社会底层。《小酒店》中洗衣女工绮尔维丝一家悲惨的生存境况，让人触目惊心；《萌芽》不仅写了矿工艰苦的劳动和贫困的生活，更表现了他们的反抗斗争，是家族史小说的代表作之一。
19世纪80年代初，左拉发表了《实验小说论》（1880）、《自然主义小说家》（1881）、《戏剧中的自然主义》（1881）等一系列文论，完成了自然主义理论体系的构建。在左拉看来，现代作家最重要的品质便是“真实感”——“什么也不能代替真实感，不论是精工修饰的文体、遒劲的笔触，还是最值得称道的尝试。你要去描绘生活，首先就请如实地认识它，然后再传达出它的准确印象。如果这印象离奇古怪，如果这幅图画没有立体感，如果这作品流于漫画的夸张，那么，不论它是雄伟的还是凡俗的，都不免是一部流产的作品，注定会很快被人遗忘。它不是广泛建立在真实之上，就没有任何存在的理由。”对“真实感”的追求，使自然主义文学叙事的基本立足点定位于“感觉体验”。这首先意味着在挣脱了形而上学之绝对观念的统辖主导之后，自然主义作家文学叙事的起点是“作家的感觉体验”，即左拉所谓“分析以感觉为先导，感知来自观察，描绘始于感动”。感觉，正是所谓“主体”与所谓“客体”之交汇融合之处；感觉印象的叠加，在主体内部积淀为独特的生命体验，而这是发起并主导自然主义叙事的核心元素。显然，左拉的所谓“真实感”是在个体之人与世界的融合中达成的，并由此获得了它自身特有的一种“真实”品质——它并非纯粹客观的现实真实，而只是感觉中的现实真实。
为了达成这种“真实感”，左拉明确提出了作家创作“非个人化”主张，要求作家叙事时应该像科学家进行实验的分析那样保持客观冷静的态度和超然中立的立场：“自然主义小说的特点之一就是它的非个人化。我的意思是说，小说家只是一名记录员，他必须严禁自己做评判、下结论。……所以他本人就消失了，他把他的情绪留给自己，他仅仅陈述他所见到的东西。接受现实而不是逃避现实是一切的前提；作为一个人，他当然可以在这事实面前颤抖、欢笑，也可以从中得出随便怎样的一个教训；但作为一个作家，他唯一的工作是把真实的材料放在读者的眼前。”左拉的“非个人化”主张与现代主义作家的“非个人化”主张在理论旨趣上是相同的。将叙事主体“隐匿”起来的企图为自然主义叙事技巧的革新提供了动力，他们所创造的“转换叙事角度”“使用自由间接引语”等叙事手法均被现代主义作家所发扬光大。
家族史小说刚完成，左拉又着手第二个小说系列的创作。在不长的时间里，《伦敦》（1894）、《罗马》（1896）和《巴黎》（1898）相继问世。这套称为《三名城》的三部曲，以批判宗教、提倡科学表达了作家追求进步事业的思想。
1894年，法国发生了犹太青年军官德雷福斯被诬向德国出卖情报而遭迫害的冤案。在仔细研究了有关材料后，左拉投入了声援德雷福斯的斗争，连续发表致共和国总统的公开信《我控诉》（1898）等一系列文章揭露军界和政府的欺骗，左拉因被判入狱和罚款，被迫出逃伦敦并侨居英国一年之久。在这场捍卫正义的斗争中，作家所表现出的正义感和社会责任良知，使其以人权斗士的形象留芳青史。
侨居伦敦期间，左拉开始写作最后的小说四部曲《四福音书》：《繁殖》（1899）、《劳动》（1901）、《真理》（1903）、《正义》（未完成）。与其以往不避现实丑恶秉笔直书的小说有所不同，在这个作品系列中，左拉重在宣示人类正义、和谐、团结的理想。左拉在谈到这套作品时说，他已经解剖了四十年，晚年该做一点梦了。显然，晚年的左拉文风陡转，叛离了其自然主义的文学理念。
1902年9月29日，左拉在巴黎寓所煤气中毒不幸逝世。葬礼上，法国大作家法朗士盛赞左拉用丰富的作品和高尚的行为给祖国和世界带来了荣誉。1906年，法国人民在先贤祠为左拉举行了第二次葬礼。
