小说对工人奋起罢工原因的探索和揭示，鞭辟入里，富有说服力。首先，作家浓墨重彩地从经济学角度揭示了罢工斗争的直接根源。小说前三部，左拉花了很多笔墨描写矿井恶劣的劳动环境和矿工贫困的生活。资方为追求最大的利润，让矿井设备年久失修，危机四伏；坑道在几百米深的地底，又矮又窄，工人必须跪着、爬着、仰面躺着干活，“像一个被夹在两页书里的小甲虫一样”；混合着粉尘、瓦斯的空气，酷热难当。但这样恶劣条件下的艰辛劳作，仍换不来最基本的温饱，即使技术熟练、生活严肃认真的工人也免不了饥饿。马赫一家10口，有5人在矿井干活，半个月所得仅50法郎，光买面包也不够；作品多次写到马赫嫂借贷无门的凄凉景况。罢工的导火索，就是资方实行新的工资制，使工人每车煤的收入减少两个生丁。实质上这是资方欲把经济危机的损失转嫁到工人头上。可以看出，与《小酒店》把工人的贫穷简单解释为自身的酗酒、堕落不同，《萌芽》找到了工人贫困的真正原因，即资本剥削；同时这也就肯定了罢工斗争的正义性。其次，左拉描写了社会主义思潮在凝聚工人力量、引领罢工斗争时所体现出来的精神威力。矿工的罢工是在艾蒂安社会主义理论的宣传引导下发动起来的，罢工期间，蒙苏一万名矿工集体参加了“国际工人协会”并得到其资助，还成立了蒙苏支部。这使罢工有了新一种意义，即超出了单纯的经济原因而具有了政治斗争的色彩。当然，社会主义思潮的主流声音中也混杂着其他声响，所以小说还写到了以万利酒馆老板拉赛纳为代表的改良主义思潮和以俄国流亡贵族苏瓦林为代表的无政府主义思潮，这些描写真实地反映了19世纪下半期社会主义运动的复杂状况。
作为自然主义小说的代表作，《萌芽》多方面体现了自然主义的文学观念和审美追求。
左拉在《萌芽》中对工人的描写，不仅淋漓尽致地体现了其“社会史”研究的成就，而且始终保有生物学研究、生理学研究、病理学研究的视角。在左拉看来，生存竞争的生物规律，决定了充满生命活力的正在壮大的工人阶级必将成为“强者”，必将吞食日益衰朽的资产阶级。正是基于这样的理解，小说第5部几成“兽性”的大展示：几千名男女矿工和孩子组成的队伍，从一个矿井闯**到另一个矿井，原意是去阻止少数工人复工，可饥饿与愤怒使整个队伍像无王的蜂群、决堤的洪水一般，进入一种非理性的失控状态，他们捣毁机器、砸烂锅炉、锉断钢缆、洗劫小铺子。作品对人的生物性描写，也频频出现于对矿工日常生活的叙述中：房客与女主人私通、夜晚旷野上随处可闻野合的声浪……性的本能成了男女关系的内在纽带。而对人物的自然主义式的处理，较为集中地体现在了主人公艾蒂安身上。《萌芽》在“社会史”方面的巨大篇幅几乎使人忽视了艾蒂安的身世，实际上，家族遗传的血缘气质融贯其形象描绘的始终。艾蒂安属马卡尔家族外系第4代，是《小酒店》中洗衣女工绮尔维丝与二流子郎第耶的幼子。父母酒精中毒的遗传在他身上变异为嗜杀倾向，与同胞兄长、《人兽》中的火车司机杰克·郎第耶相比，他的杀人冲动轻微得多，但依然在血脉中时起时伏。罢工**中，人们逮住工贼沙瓦尔，喝了少许酒的艾蒂安在醉意的狂乱中起了杀人念头，是卡特琳（马赫长女）的一记耳光打醒了他。小说最后，在坍塌的巷道里，艾蒂安到底还是把沙瓦尔杀了。作品另外还写到两起杀人事件，一是马赫的父亲长命老掐死格雷古瓦的独生女赛西儿；二是马赫的小儿子让兰用匕首捅穿了站岗士兵的喉管。前者，左拉解释为是长命老精神突然失常所致；后者，则让兰也不清楚为什么要这么干，只是控制不住杀人欲望。三起事件的描写有一个共同角度，即杀人者都处于非理性状态。
