自然主义文学运动的第二阶段大致从19世纪90年代开始，一直持续到20世纪初叶。在这个阶段，自然主义文学运动具有这几方面特点。首先，从地域上看，自然主义从欧洲开始向亚洲、美洲广泛传播，美国作为新的自然主义文学运动的中心取代了法国在第一个时期所占据的中心地位。自然主义在欧洲进入衰落期之后，却在20世纪初叶的美洲和亚洲进入了巅峰期。其次，从体裁上看，继续承接上一时期末段（19世纪80年代）从小说领域向戏剧领域拓进的声威，巴黎的“自由剧院”、柏林的“自由舞台”、伦敦的“独立剧院”等专门上演自然主义戏剧的实验剧院纷纷建立，90年代新剧院运动的成功是自然主义的成功；实验戏剧的“小剧场运动”更是方兴未艾，自然主义在推动西方戏剧革新与发展方面获得引人注目的成就。最后，从内涵上看，自然主义自觉汲取这一时期心理学领域最新成果的影响，由原先主要强调生理学视角转向生理学、心理学视角并重，并由此大力借鉴象征主义的文学观念和方法；由原先主要以实证主义为理论依托转向实证主义和尼采哲学并重，并在美国形成了杰克·伦敦（1876—1916）为代表的“意志型”自然主义的新范式。总体来看，这一时期的自然主义文学创作带有更加强烈的印象主义风格，而且在各种新的文化元素和文学元素糅合加入之后，自然主义文学的内涵和外延都在“变异”中有所放大。
在美洲大陆，自然主义对美国文学的改造，使得此前一直难以形成自身特点、在创作和理论上均乏善可陈的美国文学获得了突破性进展。自然主义在美国文学中有深入而持久的影响。斯蒂芬·克莱恩（1871—1900）的《街头女郎梅季》（1893）被认为是美国最早的一部自然主义小说；弗兰克·诺里斯（1870—1902）的创作颇受左拉影响，其小说《麦克提格》（1899）把主人公的悲剧归咎于生理缺陷，《凡陀弗与兽性》（1914）则描写了动物本性导致人物堕落的故事；杰克·伦敦的作品是浪漫冒险与自然主义相结合的产物，在“狗的小说”系列中，将自然主义强调的遗传和环境因素借由狗的形象渲染得淋漓尽致。而西奥多·德莱塞（1871—1945）因《嘉丽妹妹》（1900）、《珍妮姑娘》（1911）等经典自然主义小说的发表，成为公认的美国自然主义文学的魁首。一大批自然主义作家的出现，表征着美国文学在20世纪世界文坛的崛起。而1930年，自然主义倾向浓重的辛克莱·刘易斯（1885—1951）为美国文学赢得了首个诺贝尔文学奖，或许是美国文学已经站到世界文学最前列的标志。
自然主义文学在亚洲大陆的显赫成就，则主要体现在迅速崛起的日本文学之中。自然主义对日本文坛的改造，使原先很长时间一直停滞不前的日本文学在20世纪初迅速进入现代阶段。
