《内战记》共三卷，主要记述了恺撒与庞培作战的经过。全书从高卢战争结束后恺撒与元老院之间的往来交涉讲起，一直到恺撒追击庞培到埃及，卷入埃及的王室纠纷为止。现将《内战记》各卷的内容梗概分述如下：
第一卷共八十七小节，主要讲述恺撒与庞培派在意大利和西班牙的战争经过。
随着高卢战争的结束，恺撒与元老院和庞培派之间的矛盾日趋尖锐。在一次由执政官召开的元老院会议上，恺撒的政敌西庇阿提出了让恺撒在规定时间内遣散军队的动议。这一动议立即得到了大部分元老的支持。作者认为产生这种情况的原因是部分元老私欲作祟。此后，元老院又在罗马颁布紧急戒严令，宣布恺撒为罗马人民的公敌，并授权庞培在全意大利征召新兵、征索武器，准备向恺撒开战。
恺撒为了保卫自己的声誉和尊严，号召第十三军团的士兵们起来与敌人战斗。在得到士兵们的支持以后，他就立即发起了对元老院的战争，并很快占据了意大利北部的若干城市。在恺撒的快速进军面前，元老院和庞培显得一筹莫展，只得匆匆下令撤离罗马。不久，他们便逃至南部的布隆图辛（又译“布隆狄西乌姆”）港，准备从这里乘船前往希腊。恺撒闻讯后，便立即带领已经增加的六个军团前往追击，准备在布隆图辛消灭庞培在意大利的主力。但因庞培有大量的舰队控制海港，所以未能成功。公元前49年3月17日，庞培及其余下部队全部撤离意大利，到达巴尔干。这样，恺撒便不费一兵一卒，刀不血刃地占据了意大利半岛。
恺撒在占领意大利之后，并没有迅速渡海去追击庞培，而是先派自己的亲信去夺取庞培派占领的撒丁和西西里两岛，解除庞培派对意大利的威胁。然后则亲率大军前往西班牙，与庞培派在西班牙的主力作战。
在前往西班牙的途中，恺撒遇到了马西利亚（今法国马赛）人的使者，他们向他保证他们将在内战中保持中立。但不久他们又违背诺言，公开站在庞培派一边。恺撒对此十分气愤。他决定从海陆两方面包围该城。恺撒的围困并不能很快奏效。为了节约时间，他决定将围攻马西利亚的任务交给他的副将特尼博尼乌斯和布鲁图斯，自己则继续向前赶路。
当时，驻守在西班牙的是庞培的三位副帅，他们总共拥有7个军团的兵力。恺撒到达西班牙后，首先在西科里斯河和金伽河之间的一块空地上扎营。起初，恺撒在这里的军事行动并不顺利，甚至出现过被洪水和敌人包围的困境。后来由于埃布罗河以北的五个西班牙公社的帮助以及恺撒军士兵的勇敢，才使他转守为攻。
庞培军在自知不利的情况下，开始向凯尔提贝里人那里转移，因为那里有他们很强的后备力量。但是行动灵活的恺撒却切断了他们通向那里的道路，并成功地将其包围在一座水源短缺、行走困难的荒山上。庞培军在数天得不到水和粮食的情况下被迫向恺撒军投降。恺撒并没有粗暴地对待这支军队，而是以礼相待，在征求大部分被俘士兵的意见后，下令将他们解散，让其回家与家人团聚。
第二卷共四十二小节，主要讲述恺撒的部将特尼博尼乌斯、布鲁图斯和库里奥与庞培派将领在马西利亚和阿非利加作战的情况。
马西利亚在恺撒离开后，继续受到了他的部将特尼博尼乌斯和布鲁图斯的围攻。庞培为了打破恺撒军对马西利亚城的围困，决定派那西狄乌斯带领一支由16条船组成的舰队前往救援。马西利亚居民在获悉这一消息后，万分高兴，他们迅速派船与那西狄乌斯的救援军会合，并在附近的海域与恺撒军发生了一次大的海战。在战斗中，马西利亚的水手士气旺盛，作战勇敢，曾屡屡挫败恺撒军的攻击，但后来终因增援军配合不力而败北。
海战结束后，攻防双方都开始将重心转移到陆地上来，恺撒军积极制作攻城器械和攻城塔楼，并迅速将其投入攻城的战斗。
