他现存的有编号的作品有1000余首，常见的编号体系是BWV[1]。他那套小提琴无伴奏组曲与奏鸣曲（BWV1001-1006）可谓是巴洛克小提琴艺术的辞典，囊括了巴洛克时期各种最艰深的小提琴技术。3首奏鸣曲都是4乐章形式，每一首都包含一个不可思议的赋格，巴赫最大限度地挖掘了独奏小提琴演奏复调的技术和能力。这些空前绝后的赋格是对于小提琴演奏家技术和艺术表现的双重艰深考验。聆听者无不深深折服，并为之倾倒。千万别以为这里只有技术的堆砌，巴赫的作品恰恰是对意大利小提琴艺术中那些只有炫技、没有灵魂的矫揉造作倾向的反动。由这些作品人们可以感受到一个人对自己心灵的省察和对于宇宙万物的感应。3首帕蒂塔包含了更多节奏活跃的舞曲和技巧性表达，其中D小调第二帕蒂塔是这套作品中上演几率最高的一首，特别是其中的“恰空”（Chaconne，一种结合了复调技术的变奏曲），可谓是巴洛克音乐形式和结构的典范。在这一首乐曲内，历遍当时所有的小提琴技术，但却丝毫不会给人以炫技的感受，而是充满了明净的意念和崇高的道德体验。一首可以涤**人心灵的杰作。
BWV1014-1026的15首作品也都是为小提琴而作的，其中BWV1018和1019都有两首，BWV1020-1026的作品大多是改编自其他作曲家的作品或是疑作和伪作[2]。而前6首一套的作品是为小提琴和羽管键琴而作的奏鸣曲。这些作品没有他的小提琴无伴奏奏鸣曲中那些高度的技巧性因素，没有舞曲性的乐章，除了最后一首是5个乐章，前5首都是标准的4个乐章。这些独奏奏鸣曲更强调小提琴与羽管键琴之间的织体交互，两样乐器常常形成精彩的对位关系。音乐则既有沉思性和哲理性的内涵，又有世俗性的欢愉，恰是巴赫知行合一的宗教生活观念的体现。
※巴赫的六部无伴奏大提琴组曲是巴洛克大提琴技术的翘楚，可以感受到巴赫极为丰富的精神世界
巴赫的6首无伴奏大提琴组曲（BWV1007-1012）同样是巴洛克大提琴技术的翘楚。在此之前很少有作曲家致力于开拓这件低音弦乐器的表现力，因为通常大提琴很少担纲独奏，都是扮演数字低音乐器，或是在合奏中勾勒低音线条（可想而知并不需要特别复杂的技术）。但是巴赫并没有仅仅将它谱写为教科书或者技术手册，其中C小调（BWV1008）和D小调（BWV1011）组曲中更多的是严肃的思索与深切的感悟，而其他4首组曲则更像是一幅幅生活风俗画，充满了春华秋实的喜悦与尘世的欢愉，可以感受到巴赫极为丰富的精神世界，包罗万象，虔诚而又广博。3首低音维奥尔与羽管键琴的奏鸣曲（BWV1027-1029）带有精致的宫廷气息，充满了装饰音的乐趣。
※巴赫的八部长笛独奏作品，一直是长笛爱好者们的挚爱
巴赫有8首长笛独奏作品，其中BWV1013是一首无伴奏组曲，其他都是为长笛与羽管键琴或数字低音而作的奏鸣曲[3]（BWV1030-1035）。这些作品一直是长笛爱好者们的挚爱，特别是羽管键琴在其中也有着精彩纷呈的表现，与长笛交织缠绵，尤其典雅玲珑。编号BWV995-1000的6首琉特琴作品并非出自同一时期，巴赫显然没有为琉特琴成套谱曲的打算，但在这些创作年代不连贯的作品中仍然体现出高超的创作质量，琉特琴的复杂技巧的可能性被极大地挖掘出来（请听听C小调组曲BWV997中的赋格乐章），其中也同样充满了巴赫的忧郁与深沉，以及对于无尽的时空的感念。
