人文科学在这方面却与自然科学有许多不同之处。人文科学中虽然也包括许多真伪方面的知识性问题，文学、哲学、史学和艺术中也存在许多属于事实判断方面的内容，比如关于文学史、哲学史中的许多知识必要的内容，有关的历史事实如何，关于人物、事件、时间、地点等基本的历史事实，对这些问题的辨析和考订对于人文科学研究活动而言是重要的。当人文科学家主要是从事这方面的知识性整理与考订工作时，他们所采用的研究认识方法与自然科学和社会科学是大体一样的。人文科学家也必须运用逻辑与实证的方法，由此去获得关于文学、哲学、史学和艺术方面的确定的、与认识对象相吻合的认识结果。正因为如此，长期以来，一些人文科学家也试图实现“人文科学”的社会科学化甚至将人文科学“自然科学化”，建立实证形态的哲学、文学和历史学。20世纪以来，在人文科学研究领域，各种计量方法、统计方法、实验方法被许多人运用，许多来自自然科学和社会科学领域的研究方法、认识工具、认识手段甚至概念术语，诸如结构、程序、编码、概率等，都出现在文学、艺术学、历史学、哲学、美学的研究过程中。出现了计量史学、计量文艺学，将物理学中的结构主义、功能主义、系统理论等运于文学艺术、历史学和哲学美学的研究。这些，应该说扩展了现代人文科学的研究方法与研究手段，使它们呈现出多元化与多样化，对20世纪现代人文科学的发展变革产生了积极的影响。
由此看来，人文科学在许多方面是与自然科学和社会科学相通的。人文科学并不排斥实证科学和经验分析。但是，人文科学的一大特点，是它不仅是一个知识体系，同时还是一个价值体系，是一个关于人类的道德、宗教、文化、善恶、美丑等方面的意义体系。这使得人文科学不能以事实判断和经验陈述来解决所有的问题，它一定要有主体性的价值判断和价值说明，人文科学本身始终是与善恶美丑等价值判断问题相联系的。尽管这种主体性的价值判断并不是完全主观随意的，它同时受着历史与社会等客观性因素的制约，受着人类科学理性和经验事实方面的调控。但是，由于人文科学与自然科学具有这方面的明显差异，因此在某种程度上可以说，自然科学主要是回答“是什么”的问题，而人文科学则更多的是回答“应该是什么”的问题。
