事实上，人文科学研究与自然科学研究不同之外还在于，人文科学的研究，无论是哲学的、文学的、还是历史学的，其研究与认识活动都有反思与批判的色彩，总带有对认识对象的现实既存状态的批判性和超越性态度。自然科学与社会科学必须而对现实、实事求是。人文科学不是反映现实的物质世界和客观既存的事实，它主要不是对世界既存状态之“如何”的客观说明，而更多地是以自己持有的理想、情感、价值尺度来对外部世界之“应该如何”的主体构建，更多地追求着理想和自由意志，期盼着对现实的超越，赋予人生和世界以更多的幻想和浪漫色彩。人文科学家总会把自己的理想、价值追求赋予他的研究对象，从而使人文科学带有较强烈的主体构建性和选择性。与自然科学和社会科学主要是对研究对象的真实状态作客观的反映不同，人文科学与现实的关系总带有一层研究者主体的选择性与超越性色彩，而人文作品的读者本身对人文作品的阅读与理解本身，也不可避免地带上读者主体性价值阐释与审美再创造的特点。在人文科学的世界里，人文科学家、人文科学家的成果作品、接受阅读这些成果作品的读者，这三者之间存在着更为复杂的双向渗透关系。人文科学总是力图透过客观事实的世界，去构造一个理想的世界、价值的世界和意义的世界。这个理想世界当然不是随意编造的乌托邦幻想，不是完全离开客观物质世界和经验事实的主观臆想，它立足于现实但却又具有它的超越性和理想性，是一种情感与理性互动的产物。因此，在人文科学研究领域，不仅是运用事实、原因、规律等概念，但更多的是使用意义、价值、理想、意志、情感、人性、人格、尊严、善恶、美丑等概念，去理解体验人类的精神生活、文学情感、历史观念、审美意识、宗教信仰等文化世界，去对人类生存的价值和生命的意义进行探索，构建一个理想的人文精神世界，以满足人类在精神和理想方面的需要。
相比较而言，自然科学家们在从事科学认识活动时，主要是借助于对经验事实的陈述方法和运用逻辑思辨的方法来探索关于自然界的真理。自然科学家对自然界客观真理的探索与研究，主要是作真伪的事实判断而不作善恶的价值判断，即主要是通过科学探索活动提供一幅与自然界的客观事实及其本质与规律相吻合的认识图景，而不对这个认识图景做善恶美丑方面的价值评判。尽管自然科学的研究活动所获得的科学真理对人类而言也具有精神文化与价值论方面的意义，自然科学本身也会引发丰富的人文精神与道德伦理方面的内容，满足人类的某种需要，为人类提供关于世界与人生的有益启示，使人类的文化价值与道德体系的建立有理性的依据与合理的根基，关于这方面的问题在以后的章节中来做专门的阐释。自然科学在进行科学探索与科学实践时，首先考虑的是对客观世界的真伪判断问题，以及如何获得与自然物质现象相一致的理论认识。因为只有在获得了关于自然物质世界的正确认识，所提供的科学理论与科学知识只有成为真理，成为与客观事实相一致的正确理论，这些理论与知识才有可能成为促进人类物质与精神生活进步的力量，才有可能成为满足人类需要的手段。因此自然科学本身的基本命题并不是善恶美丑的问题，而是真假错对的问题。
