与自然科学体系的层次结构相比，元科学层次是人文社会科学体系所特有的。也就是说，即使是对自然科学元理论问题的研究，也已超越自然科学而转化为人文社会科学的内容。元科学运用逻辑学、语言学、数学、哲学等方法，对人文社会科学和自然科学中的各类元理论问题进行研究，是人类知识大厦的基石，保障着人文社会科学体系的逻辑完备性。它们包括科学哲学、科学学、人文社会科学学等。基础理论学科研究人文社会世界所特有的基本活动的规律，是一切人文社会科学知识的理论基础，如逻辑学、美学、法理学等。应用基础学科处于理论向实践转化的中间环节。它们以基础理论为指导，着重探讨有关应用领域中的普遍性问题，大体上相当于文科院系开设的专业基础课，如电影美学、技术经济学、宪法学等。人文社会工程学科以人文社会领域的现实问题为对象，综合运用基础理论、应用基础与科学技术诸领域的成果，直接为提升人类精神境界、改造社会的实践服务。大体上相当于文科院系开设的专业课，如摄影艺术学、股票投资学、审判学、文献检索学等。
人文社会科学的体系结构是千百年来人类认识人文社会现象成果的集成，必将随着认识与实践活动的发展而发展。在新科技革命的推动下，当代人文社会科学体系发生了显著变化。一方面，随着认识的深化，各分支学科按树型结构不断生长，学科分化加快；另一方面，随着认识领域的拓展，学科综合也在加快。人文社会科学与自然科学的各级学科、各类知识单元、各种方法之间相互渗透、相互交叉，产生出大量的边缘学科、横断学科、综合性学科，出现了人文社会科学与自然科学的合流。尤其是自然科学方法与现代技术手段的大量引入，改变了传统的人文社会科学研究方法，加快了人文社会科学的科学化与人类知识的一体化进程。总之，当代人文社会科学已经以元科学、基础理论学科、应用基础学科、工程技术学科为主干，经由各层次、各学科间的边缘学科、横断学科、综合性学科的联系和过渡，而形成一个立体的、网络状的开放大系统。
五、人文社会科学的作用
十八大政治报告指出：“文化实力和竞争力是国家富强、民族振兴的重要标志。”“营造有利于高素质文化人才大量涌现、健康成长的良好环境，造就一批名家大师和民族文化代表人物，表彰有杰出贡献的文化工作者。”人文社会科学的具体作用包括以下几个方面：
