第三，人文科学具有滞后性或后起性。19世纪，实证主义的科学哲学家孔德，按照研究方法将科学由低级到高级的发展经历描画为神学、形而上学和实证三个阶段，并借以指出，数学称得上是所有科学的皇后，最为严密完整，物理学已达到实证水平，生物学已进入形而上学阶段，而社会学则还处于神学阶段。当今世界虽然早已不是孔德所处的时代，人文社会科学更是获得了空前的发展，但无论研究手段方法还是研究成果水平，都还滞后于自然科学。爱因斯坦在分析物理学与实在的关系时，也曾对科学理论的层次性作过一段精辟的阐述。他指出，科学理论可以分为三级体系，第一级体系是由科学用到的全部原始概念，即那些同感觉经验直接联系的概念以及联系这些概念的命题所组成的经验知识体系，这种体系的组合还带有较大的随便性，属于低等级低水平的体系。第二级体系是由第一级体系中的原始概念和原始关系按照一定的逻辑规则推导出来的数目较少的概念和关系的一般理论知识体系，这一级体系的建构具有较高的逻辑统一性。第三级体系是由第二级体系中的少数基本概念和关系按照严密的逻辑规则推导出来的科学公理体系，它在更深的层次上更加集约和概括地反映了事物的本质和全部，因而离现象世界也更远。任何一门科学，从初建到成熟，大致都要经历这三个阶段，由第一阶段向第二阶段的跃升，沿着归纳的路线，属于粗放型的经验科学形成过程；由第二阶段向第三阶段的跃升，沿着演绎的路线，属于成熟型的理论科学的形成过程。相对而言，现代人文社会科学研究中的绝大多数还大致处于前者水平，而自然科学中的绝大部分研究则已达及后者的高度。
人文社会科学是以人和人类社会为研究对象的科学，与自然科学相比，它具有典型的人文特质和社会品性：既具有客观性又具有主观性，既具有事实性又具有价值性，既具有真理性又具有功利性（或者说既具有认识世界的功能又具有意识形态的功能），既具有普遍性又具有特殊性，既具有必然性又具有偶然性，既具有理论性又具有规范性，既具有基础性又具有应用性，既具有实证性又具有实地性。可以说，综合性是其作为科学之最根本的特性。
人与动物的分野是以意识的出现与主客体的分化为开端的，这也是认识与实践活动展开的前提。不过在漫长的史前时期，由于人类智力提升缓慢，加之社会生产力水平低下，生产与生活规模狭小，先民们对自然、社会以及自身的认识狭隘、肤浅，长期停留在感性经验层次，所积累起来的知识大多直接源于生产与生活经验。如关于日月星辰运行周期、所猎取动物的生活习性、人的生老病死、图腾崇拜与祭祀仪式等方面的知识。这些知识主要是通过血缘氏族公社内部的世代口头传承方式积累起来的，多是零散的、常识性的、经验性的感性认识成果，其中包含着日后众多学科的萌芽。
