人文社会科学与自然科学的综合化、一体化，并不是说两者可以直接等同和差别消失，更不是说各门人文社会科学与自然科学都向某一门具体科学看齐、靠拢乃至归并，而是指人文社会科学和自然科学的整体系统性的增强、互通融合性的递进和协调有序性的提高，在其实质上是一种丰富差异性的协同和复杂多样性的统一。人文社会科学与自然科学的相互交融和渗透，绝不是某些人的主观臆断，而是物质运动规律、社会发展需要和科学研究能力综合作用的必然结果，其发生发展的最为深刻的根源、基础和本体论前提，就在于现实的多样性和世界物质的统一性。所谓自然科学、人文社会科学，其研究对象，一为自然，一为人类社会，它们作为一种精神形态的知识体系，不过是对自然与社会客体的本质及其规律的正确反映。
在古代，自然科学与人文社会科学是统一的，那是在一种很低的水平上的直接统一，那时的哲学包含了所有的科学知识，科学家集自然科学与人文社会科学于一身。亚里士多德既研究哲学以及政治、历史、伦理、逻辑等人文社会科学，也研究物理、天文、气象、生物等自然科学。到了15世纪下半叶，随着生产的发展，自然科学也逐渐发达起来。于是，一个又一个独立的学科诞生了，自然科学和人文社会科学也逐渐分离，成了两大门类。到了19世纪中叶，自然科学和人文社会科学又出现了相互结合的趋势。而在今天，不仅存在着从自然科学奔向人文社会科学的潮流，同时也存在着从人文社会科学奔向自然科学的潮流，这两股潮流已经汇合成一股势不可挡的强大潮流了。正所谓“万法归宗”，“万法”（指自然科学、人文社会科学方法）既源于“宗”，必将归于“宗”，这个“宗”就是具有精神与物质两态的宇宙。“宗教”就是对宇宙之神的探索和信仰。
人文社会科学的源头是“存在”，甚至可以说人类的一切思想和行为都是在探寻“存在的意义”，对于科学家、神学家、哲学家而言，他们探索的是宇宙的本原是什么及其意义，而普通民众则时刻在追寻“人生存的意义”，两者探求的层次差异很大，即“人的存在”永远服从于“宇宙的存在”“神的存在”，只有宇宙之神才能赋予人类存在的终极意义，如果人类没有终极意义，那我们的存在，我们追求的一切价值物，都将失去意义。人文社会科学不仅是一种可以实证的知识体系、科学体系、文化体系，而且是一种非物化的思想体系、理想体系、价值体系和道德体系。宇宙主义的世界观、人生观、价值观和科学精神、科学思维、科学方法，是未来人类社会精神文明的建设主体。如果抛开以人类为中心的狭隘思维方式，就会发现人类社会也是一种自然。现代自然科学早已证实，自然界中的蚁群、狮群、猴群都有它们自己的社会结构、长幼尊卑，有明确的社会分工。为什么研究人类社会属于社会科学，而研究蚁类、猴类社会却属于自然科学？
