崇祯皇帝听说帝国东江镇总兵毛文龙就这么着让袁崇焕给杀了，着实吓了一大跳，惊骇莫名。他可能知道袁崇焕素有蛮子之名，却大约无论如何也想不到他会生猛到如此程度，竟然敢于杀掉只有自己才有权处置的一路大军统帅。
崇祯皇帝继位不久，毛文龙就曾经给皇帝上过一个奏疏，言辞激烈地痛陈自己有五大不平，请求皇帝另选贤能来替代自己。这种以退为进的伎俩，是明朝官员们的拿手好戏。因此，皇帝鼓励他说：“文龙孤悬海外，备尝艰辛，屡建功勋。如今正值辽东局势危难之际，岂能说退就退？你要再接再厉，多方牵制，以舒解皇帝我的焦虑。”（《崇祯长编》卷二）
如今，这毛文龙没有说退就退，却被这袁崇焕说杀就杀了。据说，仅仅因为正在倚重袁崇焕，所以皇帝没有指责他，反而通令嘉奖袁崇焕，并将毛文龙的罪行收集起来，通报全军。当时，有些人认为毛文龙是被冤枉的，因此在京师奔走，为毛文龙鸣冤。崇祯皇帝将这些人一概归入毛文龙亲信死党，下令捉拿严办，以安抚袁崇焕。
这种情形，充满了乖戾不祥的气息。
毛文龙罪不当死，特别是不当这样的死法。袁崇焕妄杀毛文龙本来就是错误的，不光是崇祯皇帝“意殊骇”——特别惊骇，而且，史书记载道：“天下闻之，诧为奇举。”（谈迁《国榷》卷九十）没有人能够理解袁崇焕此举的真实意图，不知道他到底要干什么。如今皇帝也糊里糊涂加入战团，企图以权势压人，毫无疑问是错上加错，君臣制造了一起令人无法心服口服的悲剧。
悲剧的后果，不久便显现出来了。袁崇焕显然没有用诛杀毛文龙在皇太极那儿换来他承诺过的任何东西。仅仅过了三个月多一点，没有了任何后顾之忧的皇太极便大举进军，他绕过袁崇焕严防死守的宁、锦、山海关一线，深入大明帝国京畿地区烧杀抢掠，时间长达七个月。这是双方开战以来从来没有过的，标志着战祸已经从辽东地区蔓延到了帝国腹心。
此时，皮岛已无毛文龙。统帅在没有太大说服力的情况下被杀，也没有进行很好的善后与后续工作，人心士气一下子就散掉了，没有人具有足够的威望和能力指挥那几万大军，从而差不多是自动解除了对于后金汗国侧后翼的威胁。就这样，坚持多年的一块敌后根据地，基本丧失了战略价值。
而袁崇焕也在一步走错之后，步步走错，除了穷于应付之外，似乎完全没有了曾经有过的英气与灵气，直到被崇祯皇帝逮捕入狱，直到八个月之后，死于皇帝的酷刑。
三年后，悲剧的恶果进一步加剧扩展：毛文龙的部下，孔有德、耿仲明等，必定是对朝廷已经彻底绝望，于是先是在山东登、莱地区掀起大乱，皮岛驻军守将陈有德也在皮岛杀死另外两位守将，率部响应。随后，他们携带大明军队最新引进的红夷大炮和工匠技师等浮海投敌。
加上同是毛文龙部下的尚可喜，大清朝册封的四位汉族亲王，有三位是当年跟着毛文龙，令努尔哈赤一年数惊、寝食难安的骄兵悍将，如今则成了皇太极和多尔衮的急先锋，构成了皇太极组建汉军八旗的主体。他们杀进自己的故国家园，大砍大杀，几乎所向无敌地从大东北一直打到南海之滨，打到云贵高原的千山万壑，打到大清朝天下太平之后。平心而论，仅仅将他们斥之为汉奸、卖国贼、叛徒之类大约是远远不够的。
后来，他们和最后加入进来的吴三桂一道，成为大清朝需要被清除的异姓藩王，演出了受到后代直到今天热烈赞颂的“平三藩”悲喜剧。
