这些力量中，包括了蓟、辽、登、莱、天津的所有军事单位和与军事有关的单位，其中，毛文龙的皮岛东江镇当然是重要的一支。
宁远兵变时，袁崇焕请求朝廷按时下发军饷，皇帝不高兴，一位大学士迎合皇帝说：若是士兵一闹就发饷，那其他地方的军队有样学样怎么办？对于袁崇焕来说，同样存在这个问题。要是毛文龙不听招呼，自己没有办法修理他，其他那些力量不听招呼怎么办？五年时间一晃就过去了，届时，自己拿什么去兑现那“五年复辽”的承诺？
毛文龙有勇有谋有胆魄却不听招呼并非自袁崇焕始。当年熊廷弼出任辽东经略时，毛文龙并不买账，只听其老上司王化贞的指挥，令熊廷弼气恨难消。多年前，袁崇焕第一次赴任辽东之前，曾经与熊廷弼有过很是投机的长谈，或许那时，他就在熊廷弼口中知道了毛文龙的嚣张难制。
宁远保卫战之后，袁崇焕晋升为辽东巡抚，为了协调各方力量一致行动，曾经因为毛文龙是连接朝鲜牵制后金侧后翼的桥梁，所以奏报朝廷，准备给他那里增调精兵良将，以加大努尔哈赤腹背受敌的力度，谁知，毛文龙想尽一切办法予以阻挠，并连连上书批驳袁崇焕，搞得就好像袁崇焕垂涎于他那地盘似的。最后，终于把袁崇焕的计划无疾而终地给“淹”了。因之，在袁崇焕心里，可能会认为毛文龙为了一己私利，而置国家大计于不顾，怎么看怎么像奸商海盗加发国难财的割据军阀之流人物。
这就是袁崇焕和毛文龙之间的不同所在。这两个性格有些相似的人物，品格的差异却很大。
或许毛文龙对帝国朝局的认识比袁崇焕透彻，但其品格却比袁崇焕远为低下。因此，才选择了一条保存实力、积蓄钱财，甚至虚报兵额、冒领军饷、走私贩私的道路。如果政治清明，他可能会是一个不错的封疆大吏，若大环境相反的话，其合乎逻辑的发展轨迹，必定是指向割据一方的军阀和乱世之枭雄。可惜，帝国政治给他提供的是后一种环境。
袁崇焕则可能是个胆汁质的热血男儿，一个饱读圣贤之书、充满家国情怀、有勇有谋、有为有守、急功好义、知其不可而为之的圣徒一类人物。在中国的政治文化传统之下，除极少数政治清明的时代之外，袁崇焕的命运，大体上是绝大多数时代中这一类人物的标准结局。譬如五百年前的岳飞，譬如本朝百多年前的于谦，譬如前不久的熊廷弼。
只是，无论如何，此刻的毛文龙不管他像个海盗奸商也罢，像个割据一方发国难财的军阀也罢，他毕竟还只是“像”那玩意儿，而不是已经“是”那玩意儿了。他毕竟还是帝国东方一路前敌大军的统帅，毕竟在朝鲜已经成为后金汗国兄弟之邦的情势下，他还坚持在那里，形成着敌人侧后翼巨大的后顾之忧，从而具有极为重要的战略价值，毕竟他手下的数万将士是跟着他一起在战争中冲杀出来的。而在帝国制度下，最重要的是——毕竟他是皇帝才有权力处置的帝国重臣。在这种种情势之下，袁崇焕痛下杀手，如何能不构成一个影响巨大而深远的错误！
袁崇焕与毛文龙这两个强人之间发生冲突，只是时间问题而已。事实上，在袁崇焕此次奉召赴京时，一位同样讨厌毛文龙的内阁大学士钱龙锡，就曾经到袁崇焕住所，和他探讨怎么样对待毛文龙的问题。袁崇焕表示：毛文龙能用，则用之；不可用，则杀之。（《袁督师遗稿遗事汇辑》卷一）
赴任之后，袁崇焕曾经给兵部尚书写过一封信，其中谈道：“皇太极屡屡想和我讲和，朝廷重臣中也有人主张谈和。毛文龙若和我同心协力，我当然对他无嫌无猜；否则，斩其首，崇焕效提刀之力。”（谈迁《国榷》卷九十）这封信实际透露出了一个极为重要的信息，那就是：皇太极作为袁崇焕与毛文龙的共同敌人，可能在促使袁崇焕举起那柄诛杀毛文龙的尚方宝剑时，产生过绝大的作用与影响。
