此时，毛文龙的路数和他的老长官李成梁晚年时差相仿佛，精通社会财富再分配之原理，深知天下钱财不是一个人能赚得完的，他大把挥洒银两于京师权贵、政要、太监门下，致使在封疆大吏中就有好几个干儿子的魏忠贤，对袁崇焕可以丝毫不假以颜色，对他却要格外高看一眼，内阁大学士们也都仿佛是他的孪生兄弟一般。
如今，魏忠贤倒台，内阁也几经变动，再加上这一年年的银两实在不是一笔小数目，差不多比朝廷正常年景时一年的财政收入都多，即便加征了辽饷，也不够填这么多大张嘴的狮子之口。于是，难过之余的朝廷重臣中开始颇有烦言，最后决定派人前去核查人数。来人虽然受到毛文龙有如招待国王一般的款待，却仍然没有办法将其部下人数核定为二十万，只好以十万人上报。按照当时的朝廷建制规定，皮岛又称东江镇，行政上归山东登莱道管辖与输饷，这登莱道衙门十分较真，核查来核查去，只查对出了两万八千人。于是，坚信自己有二十万部下的毛文龙，为自己一直以来广开财源，自谋生路的不凡手段找到了维持心理平衡的特别充足的理由。
此外，驻扎在人家领土之上，毛文龙不认为自己应该感谢东道主，反而觉得自己应该受到东道主的感谢，于是就以协助东道主保家卫国的名义，时常向东道主索要钱粮，搞得朝鲜国王不胜其烦。那努尔哈赤是何其厉害的角色，他很快就派人联络朝鲜国王，重申友好结盟之意，以图共同对付明朝和毛文龙。毛文龙探得消息后，立即飞速报告朝廷，并且要求朝廷委派自己为朝鲜监督，意思就是想由自己来当朝鲜国王的太上王。不要说崇祯皇帝，就是那三十年不见朝臣的万历皇帝、如痴如醉地迷恋木匠手艺的天启皇帝，再加上一个主意比谁都多的魏忠贤，也没有谁敢下达这样的指令。于是，毛文龙顾不上骚扰努尔哈赤，反而要对大明朝最好的盟邦朝鲜严加戒备了。
如果这些还不足以令袁崇焕切齿痛恨的话，毛文龙自说自话，把自己放在和袁崇焕平起平坐的地位上，不太拿督师放在眼里，不听招呼，就让袁崇焕很难容忍了。从其一生行事判断，袁崇焕个性强烈，杀伐决断，敢作敢为，其自说自话，不听招呼似乎比毛文龙有过之而无不及，史籍中关于此方面颇有些记载。在此之前，朝廷曾经将袁崇焕的两个高级同僚调离，原因也是因为袁崇焕无法与他们共事之故。同性相斥，他无法容忍同样秉性的毛文龙也在情理之中。这大约是袁崇焕对毛文龙痛下杀手在性格、情感上的部分原因。
还有部分原因，可能就和袁崇焕对皇帝“五年复辽”的承诺有关。
从袁崇焕到达辽东前线后的一系列动作中，可以看出，那个承诺的确使他感到了巨大压力，使他特别急切地希望按照自己的意志，来整合麾下的所有力量。譬如，为了减少可能产生掣肘和扯皮的环节，他将山海关内外的统兵权裁撤合并到三员大将身上，将锦州和宁远合并为一镇，由祖大寿总领其事，加中军副将何可刚为都督佥事，协助祖大寿驻守锦州；将赵率教从蓟门移驻山海关，袁崇焕则坐镇于宁远。他和上述三位大将立誓，五年平复辽东，届时如果达不到目标，袁崇焕将亲手杀死这三员大将，然后砍下自己的头颅以谢天下。上述情形报告给崇祯皇帝后，皇帝曰：可。
“五年复辽”，谈何容易。袁崇焕在皇帝面前的这个承诺，其严重程度根本就等于用自己的身家性命立下了军令状。为此，皇帝和帝国政府对他一路绿灯，差不多满足了他所有要求，提供了所有他需要的支持。在这种情况下，如果届时交不了差，那个在不动声色之间干掉了魏忠贤的青年皇帝，对他是否会比对魏忠贤更客气，是可以成为一个疑问的。因此，袁崇焕必须把他权限范围内的所有力量尽快整合起来，形成一个整体，在他的指挥下如臂使指地指向后金汗国，决不允许有不听招呼的情形出现。
