嫁给努尔哈赤时，孟古格格只有十四岁，努尔哈赤则为三十岁。那一年，是努尔哈赤起兵的第五年。当时，努尔哈赤可能已经有了至少五位妻子。他们是在结婚四年后，生下的皇太极。十一年后，孟古格格重病去世。努尔哈赤表现出了少见的悲恸。他痛哭不止，下令四个奴婢殉葬，不饮酒、不吃荤达一个月之久，并将灵柩停放了三年方才下葬。当时，努尔哈赤与叶赫部落的关系十分紧张，重病中的孟古希望最后见自己的母亲一面，被她的哥哥、叶赫部落酋长拒绝。为此，激怒中的努尔哈赤，曾经不顾实力相差悬殊，在妻子去世后不久，便率兵攻打叶赫部落。这一年，皇太极不满十二岁。
史书记载说，努尔哈赤对皇太极“爱如心肝”。（《满文老档》，太祖卷三）除了孟古格格的原因之外，可能和皇太极的聪慧有很大关系。据说，皇太极三四岁时就很懂事，接触过的事情“一听不忘，一见即识”；到他七岁时，努尔哈赤便“委以家政，不烦指示，即能赞理”。（《清太宗实录》卷一）就是说，这是一个七岁的小大人，不用大人指点，他就可以帮着把家里的事情打理好。
皇太极出生那一年，正值大明朝抗倭援朝战争爆发。七年后，这场战争结束。不久，朝廷又将李成梁派来第二次镇守辽东，时间又是七年。这十几年，正是努尔哈赤扩张实力的关键时期。有记载说，当时，皇太极年长的兄长如褚英、代善等，跟着努尔哈赤常年在外征战，努尔哈赤便将全部家政，交给了年仅十余岁的皇太极。
从史书记载上看，那是一个不小的摊子。当时，努尔哈赤全家住在费阿拉城的内城里，用木栅栏圈成了一个圆形的大院，其中，有一到四间不等的瓦房、草房十余座、三十余间，其中住着努尔哈赤众多的妻妾、儿女、卫兵、仆役、文书等工作人员和教育子女的教书先生等等。此外，城外有众多的庄田，城内有大量的财产。（申忠一《建州纪程图记校注》）
大明万历三十一年（公元1603年），这一年，皇太极的母亲去世了。也是这一年，努尔哈赤将他的王城由费阿拉迁到十余华里外的赫图阿拉，他们的家业更大了。不过，据说皇太极仍然将一切打理得井井有条，而且很对努尔哈赤的心思。这样的锻炼与经历，对于一个十几岁的少年，应是不可小觑。
当时的一位观察家记录道：努尔哈赤的建州女真酷爱射猎。每当大规模围猎时，人们带上炒面，用水调和后充饥，风餐露宿，不以为苦；马匹也很能耐饥劳，只吃很少的水草便可以昼夜驰骋；女子奔腾驰猎不亚于男人，十来岁的孩子也能够弓矢驰逐，争强斗狠。（李民寏《建州闻见录》）多年以后，皇太极曾经回忆说：“小时候，听说要出去打猎，个个欢腾雀跃，事先就调鹰蹴球，如不让去，哭着向太祖请求批准。”（《满文老档》太宗崇德二十三）这种情形，可能是皇太极成年后武功超群的部分原因。不止一种史书记载道：远征蒙古察哈尔部林丹汗时，途中缺粮，皇太极与全军将士一起射猎为生。他一个人一次便猎杀黄羊五十八只，其中，竟有不少一箭贯穿两只黄羊者，可见其武功神力。（王先谦《东华录》天聪六年五月）据说，沈阳实胜寺里收藏着皇太极当年使用的弓箭，矢长四尺多，寻常的强壮汉子根本就拉不开那张弓。（阮葵生《茶余客话》卷一）
皇太极的身材比父亲努尔哈赤魁梧，中年以后发胖得厉害，体重大约在二百五十斤左右。加上很重的盔甲，致使一般的战马很难负担这庞大的重量。他有两匹心爱的战马，名字分别叫大白和小白。皇太极死后，他的陵墓前面有两匹石雕的骏马，据说就是按照大白和小白的形象雕制的。皇帝心爱的战马，应该是最为神骏的了。可是，这两匹马，其中一匹，皇太极一天只能骑乘五十里，另一匹，一天也只能驮着他走一百里而已。
