天聪九年，多尔衮远征察哈尔，获得传国玉玺，令后金人众认为这是天命所归，从而士气大振。众人仿效当年推举皇太极继承汗位的做法，纷纷立誓书拥戴皇太极上皇帝尊号。皇太极指示由于大贝勒年纪大了，可以免于立誓。代善不同意，主动要求并最后带头在众人面前发下拥戴皇太极登帝位的重誓，表示，若像莽古尔泰、德格类那样心怀不轨的话，将天地不容、遭殃而死。（《汉译》）
就这样，代善大体受到了皇太极的礼遇和尊重。不过，二人之间的一些摩擦也很有意思，颇为意味深长。在代善，会不时地做一些令皇太极不那么舒服的事情，表明自己的存在；在皇太极，则随着威权日重，也时不时对代善晓以利害，甚至丝毫不假以辞色。
二人之间最严重的冲突，发生在天聪九年，事情是由皇太极的姐姐引起的。
据皇太极说，他的这位姐姐哈达公主脾气暴躁乖戾，且特别喜欢在背后进谗言搬弄是非，大约属于悍妇加长舌妇一类人物。因此，可能从努尔哈赤时代起，姐弟二人关系就不好。这年九月，皇太极率领大家迎接多尔衮远征察哈尔凯旋。在返回沈阳的路上，哈达公主和皇太极发生不愉快，赌气先走。路过代善的营帐时，代善叫他夫人把公主迎进帐，设盛宴款待，并赠送财帛礼物。皇太极知道后，震怒，除派人前去责问外，还不知会任何人，独自返回沈阳，并关闭宫门，不许任何人觐见。
数日后，皇太极召集所有贝勒大臣与侍卫，当面痛斥代善。他长篇大论，痛说家史，把数十年来和代善之间的恩恩怨怨一一倾诉。他愤怒责问代善：为什么过去和哈达公主的关系并不好，如今看到哈达公主与自己闹别扭，就这样对待哈达公主？居心何在？然后，又一一点名痛斥其他诸贝勒。最后，他愤怒地表示：你们悖乱如此！我将杜门而居，你们另外推举一个强有力者为君吧。我安分守己过日子足矣。随后，怒火万丈地返回宫中，关闭宫门不再露面。
最后，心惊肉跳的诸贝勒大臣会同六部官员公审代善，拟定革大贝勒名号，削和硕贝勒职，夺十牛录，罚雕鞍马十匹，甲胄十副，银万两，并拟定处罚他的儿子萨哈廉。然后，所有人等一齐来到朝门前，跪请皇太极出宫视政。
皇太极挣足了面子，遂下令宽免代善、萨哈廉，罚款了事。（《清太宗实录》，天聪九年九月壬申）
有趣的是，这件事情过后不久，代善、萨哈廉就成为拥戴皇太极上皇帝尊号最为积极的人物。皇太极也在登上帝位之后，封代善为“和硕兄礼亲王”，成为皇帝之下的第一亲王。更加有趣的是，一年后，代善又做了一件更加意味深长的事儿。
皇太极即位后，曾经作出一项规定，限制诸王贝勒的侍卫人数。代善可能不太高兴，有一天，他不带侍卫，自己牵着马，腋下夹着褥垫去见皇太极，显然是故意做给皇太极看。后来，皇太极称帝的第二年，代善违反规定，为自己多配备了十二名侍卫，并对有关部门负责人说，皇太极的护卫也超过了定额。这件事逼得皇太极当众对证，最后，证实其侍卫人数不但没有超额，反而还不够定额。（《清太宗实录》卷三十七）我们知道，皇太极前后执政十七年。这件小事的意味深长之处在于：在皇太极继承汗位十年、登基做皇帝两年之后，代善仍然敢于和他攀比，并不将他看成是可以为所欲为、至高无上的皇帝。
崇德四年底，皇太极携众人前往叶赫地区打猎。代善马失前蹄，伤了脚。皇太极跳下马，亲自为他裹伤、给他敬酒，并且流着泪责备他：“大哥年纪大了，我再三劝你不要驰马，大哥为什么这么不善自珍重？”随即罢猎而还，并命代善坐轿缓行，一直护卫到家。（《清太宗实录》卷四十九）
