开启了近代日本历史的宣传口号是“尊王攘夷”，即“王政复古，驱逐夷狄”。这个口号试图使日本免受外部世界的负面影响，重回天皇和将军“双重统治”以前的10世纪黄金时代。当时天皇在京都的宫廷最为反动。天皇派的胜利，对天皇的支持者来说意味着洗刷耻辱和驱逐外国人；意味着重建日本传统的生活方式；意味着剥夺“改革派”在各种事务中的发言权。强大的外样大名掌控着日本最有势力的藩国，他们成了推翻将军幕府的先锋。他们希望通过“王政复古”来取代德川家族，统治日本。当然他们只想变更一下当权者，并不想改变体系。农民希望能多留下一些稻米，但同样讨厌“改革”。武士想要保留自己的俸禄，并能挥刀作战以赢得更多的荣誉。商人从财力上支持王政复古的军队，希望推行重商主义，但他们也从未责怪过整个封建体系。
当1868年反德川家族的力量胜利后，宣告王政复古，“双重统治”结束。以西方的标准来看，胜利者将推行的是极端保守的孤立主义政策。但事实上，从第一任开始，新政权就采取了相反的措施。它掌权几乎不到一年，就废除了大名在各藩的征税权。它收回了土地登记簿，并且把农民本应该交给大名的40%的税收占为己有，但在没收的同时也给予了一些补偿。政府分发给每个大名相当于他原本收入一半的俸禄。同时，政府也替大名免除了养活武士家臣和承担公共建设开支的义务。和大名一样，武士阶层从政府直接领取俸禄。在接下来的五年中，新政权又粗略废除了阶层之间在法律上的不平等。譬如，它规定用徽章或服饰来区分种族和阶层是非法的——甚至脑后的辫子也必须被剪掉——贱民们被解放了。新政权又撤回了禁止土地转让的法令，移除了隔离各藩的关卡，取消了佛教的国教地位。到了1876年，大名和武士的俸禄又被换算成偿还期为五到十五年的秩禄公债，一次发给，金额可大可小，主要依据每个人在德川时代领取的固定收入而定。这笔钱使得大名和武士有资金在新的非封建经济中开创事业。“这一步最终巩固了商业金融巨子和封建土地贵族之间的特别联手，而这种联手在德川时代已很明显。”
明治政府雏形期的这些重大改革却并未受到民众欢迎。比起改革举措，民众对1871年至1873年侵略朝鲜一事更有热情。但明治政府不仅坚持进行激烈的改革，还否决了侵略朝鲜的计划。它的施政方针违背了多数曾为其上台浴血奋战过的人们的意愿，于是在1877年，反对派的领袖西乡隆盛组织了大规模的反政府叛乱。他的军队代表了尊王派想要维系封建制的愿望，而这个愿望在王政复古的第一年就被明治政府否决了。明治政府召集了一支非武士的自愿军，打败了西乡隆盛的武士。但这次叛乱证明了明治政权在日本究竟引起了多么强烈的不满。
农民的不满也很强烈。在明治政府统治的第一个十年间（1868—1878），至少爆发了190起农民起义。新政府行动迟缓，直到1877年才第一次下令减轻农民身上的重税，也难怪农民觉得新政权辜负了他们。此外农民们还反对诸如建立学校、征兵制、土地测量、强制剪辫子、贱民的法律平等化、对佛教国教地位的限制、改用阳历和其他一系列改变了他们固定生活方式的举措。
