唐朝的司马贞在《三皇本纪》里进一步完善了他的来历：“母曰华胥。履大人迹于雷泽，而生庖牺于成纪（地名，据说在今天甘肃一带）。蛇身人首。有圣（人）德（品德）。……始画八卦，以通神明之德（旨意），以类万物之情（模仿世间万物的情感和欲望）。造书契（文字）以代结绳之政（结绳记事的制度）。于是始制嫁娶（制定婚姻法），以俪皮为礼（用成对的鹿皮作为迎娶的聘礼）……养牺牲（用来充当祭品的家畜）以庖厨（发展烹饪），故曰庖牺（烧煮那些牺牲品的人，也就是厨师）。”[62]
这是中古时期人们对伏羲事迹最完整的描述。当然，这些都不是上古神话的本来面貌。就是这些描述，制造了大量谜团，反而让伏羲的身世变得更加扑朔迷离。
这段文字的第一个关键点，是伏羲之母华胥氏的怀孕方式。他没有直接的父亲，而是由母亲在雷神的地盘——雷泽的岸边，踩到了巨人的脚印——应该就是雷神本人留下的，回去后居然怀孕，诞下一位大神来。这类故事叫作感生神话。
在这个故事里，脚印等同于脚足本身，而脚足又象征着男性**，这意味着，伏羲的父亲就是雷神，作为雷神的儿子，他理所当然地掌管了天上的雨水和雷电。直到今天，当年曾经被楚国接管的吴越地区的方言，还把闪电叫作“hoxi”。上海郊区的方言就是如此。
这段文字的第二个关键点，是它把伏羲和太昊等同起来。那么，我们要问的是：太昊到底是谁？“昊”字，天上高挂着一个太阳，这是一个典型的会意字，代表天上的太阳，也就是日神。因为叫作“太昊”，而“太”有高的意思，所以“太昊”应该是正午的日神，跟他相对的是“少昊”，是早上初升的太阳，又叫朝阳神。
为什么要把伏羲跟日神混合起来呢？这是因为，作为雨神和雷电神的伏羲，扮演创世大神的角色，能量显然非常匮乏，需要用日神的神格来加持。光是布施雨水还不够，加上日神的属性，加上光照和热力，才能大大拓展作为天空神的神格，为他成为全能的创世大神奠定基础。
既然有了日神的身份，他发明八卦也就顺理成章了。因为“卦”字的字形，就是一个“圭”加上一个“卜”，也就是用圭来占卜的意思。八卦的真正发明者，是日神大祭司帝喾，而文字的发明权属于仓颉，但在神话中，为了烘托大神的伟大性，这种功劳是可以由祭司们任意分配的。
是的，每一个神话体系，都需要伏羲这样的文明大神，他发明的八卦、文字、乐器、渔网和烹饪技术，每一项功绩都跟文明相关，所以他不仅是雷雨神、天空神和日神，更是文明神，他对文明的伟大贡献，尤其是文字和契约的发明，足以让他名垂千古，所以从汉代开始，他就跟女娲一起，被人供奉在神庙和墓穴里，主管生命、死亡和亡灵的重生，也分管他们在来世的幸福。
在印度神话里，有一个跟伏羲非常相似的大神，名叫伐楼那，是天空神、雷雨神和宇宙规律的守护者，主管契约和法律，而且还分管黑夜、冥界和亡灵，骑着那伽大蛇，跟另外一名叫密多罗的大神形成对偶。他们应该就是伏羲和女娲形象塑造的最直接的原型。[63]
当然，还有另外一个原型，那就是美索不达米亚地区的对偶蛇形象。这种形象大多出现在金器或者陶罐上，两蛇以众神的权杖为轴心，互相缠绕，尾巴在下部交缠起来。中国神话的缔造者们，借鉴了这些来自异域的传说和图式，创造出自己的创世大神。从此，中国神系终于有了自己的主神。
