经过了几年发展的明军部队和当初辽东征服后金的明军部队相比，其间的进步不是一点点，大明迅速发展的冶铁业使得原本昂贵无比的红夷大炮成为了军队的常规火炮，原本的车营阵经过几年来的演练已经有了许多新的战法，骑兵的大规模冲锋已经不是明朝火器部队的威胁，可以一次发射二十四枚火箭手雷的火箭车已经列装部队，而与此相反，原本就战力不及后金的蒙古部队如今还在原地踏步，征服蒙古对朱由校来说，似乎实在进行一场考校耐心和财力的战争，如何在莽莽草原上围剿来去如风的蒙古骑兵，如何稳固自己在蒙古的占领地位，如何保准进入草原之后的漫长补给线，如何将桀骜不逊、四处漂泊的蒙古牧民变成一个依草而居的牧场主？这些都是朱由校需要解决的问题。
不过朱由校并不指望蒙古的牧民能够一劳永逸的解决，就是如今在辽东属于少数民族的女真人也没有真正融入大明的统治中来，收复辽东已经有五年了，五年来，朱由校对辽东的和平演变，化影响丝毫没有松懈过，但是这些对于那些智力成熟的成年人来说，是丝毫没有作用的，只有经过几代人的时间，女真人才会彻底的融入大明的化圈！
大明天启六年九月，朱由校御驾亲征蒙古，调动大军三十五万，分成两路大军，一路为辽东攻势，由李之藻率领辽东十万大军出征，另一路为大同攻势，由朱由校率领九边和京营二十五万大军由山西大同出兵，两路大军进入蒙古境内之后，蒙古部落纷纷避开锋芒，或是整族搬迁而走，或是上表依附大明，而蒙古境内的几个大部落却是集结部落中所有男子，凑齐四十万士兵，准备与大明决一死战！
如果说明军当初和后金的战斗属于菜鸟火器部队和精锐骑兵的对决，只有一线的差距，还有胜负的悬念，而如今明军和蒙古的战斗便是火器部队和骑兵的对决，整整差了一个时代，怎么能够不形成一边倒的情形，再加上蒙古士兵粮草缺乏，士气低落，明军两路大军在经过几次狙击战中大胜之后，蒙古林丹汗便面临着调动不力的局面，一方面，蒙古部队不愿意明朝势力进入蒙古草原，夺去自己的地位，而另一方面，明军强大的武力又使得蒙古各个部落首领清楚认识到自己抵抗的脆弱性，更不愿意听从林丹汗的调动，去当明军的炮灰！
一方积极主动，一方四处流窜，胜负已无悬念，朱由校的部队不是移动缓慢的步兵，而是移动稍微逊于骑兵的车营部队，更何况车营部队中同样搭配着数量可观的骑兵，这些骑兵之中有着数量众多的后金骑兵，这些为了赎罪而在军中服役的后金骑兵在明军的炮火支援之下更是凶猛，加上明军在对后金的作战之中积累了大量的作战经验，对于骑兵来去如风的作战方法也甚是熟悉！
大明天启六年十一月，蒙古草原上正是天寒地冻之际，明朝二十万大军将蒙古林丹汗的二十五万大军堵截于林丹汗的主营地呼和浩特，发生激战，明军经过半月的围攻终于击溃林丹汗大军，蒙古二十五万强行征集的士兵顿时化为乌有，林丹汗阵亡，其母率领林丹汗所辖的察哈尔部落投降明朝，察哈尔部被征服，随着林丹汗的灭亡，其属喀喇沁、土默特和鄂尔多斯诸部，亦尽皆归附，然后朱由校三十五万大军分成数路，四处征战漠南蒙古，大小蒙古部落纷纷归附，整个征服战役一直维持到大明天启七年六月才算完成，自此，漠南蒙古科尔沁、札赉特、杜尔伯特、巴林、札噜特、奈曼、喀尔喀、茂明窍、乌拉待、喀喇沁、乌珠穆沁、察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部全部纳入明军势力范围，漠南蒙古为明朝所统一。
和艰苦的统一战争相比，蒙古土地的管理显然更让朱由校头痛，好在朝廷的理藩部已经有了女真工作的经验，在朱由校大军所到之处，便有大量的明军官吏接踵而至，进行各种安抚重建工作！一时间，各地虽然小叛乱接连不断，但是明朝的统治却是十分稳固，加上蒙古归入大明版图之后，原本规模受禁的茶马市和日常贸易已经全然取消，各个部落所在的驻地有大量明朝商人轰涌而至，原本十分缺少的生活物资突然出现，使得不管是蒙古的贵族还是平民的生活水平都大幅度提高，特别是明朝还给很多蒙古人提供移民服务，让一些蒙古人到明朝统治已经十分稳固的辽东地区居住，除了这些，朱由校还大量安排以前的蒙古部落首领担任没甚实权的各种虚职，而且明军在统一蒙古之后九边的军事压力大幅度减轻，兵力全部外移，在蒙古驻扎了十一个精锐通州师还有其他各种部队四万多人，总计十七万部队集中在蒙古。 各种优惠条件和强力统治之下，蒙古已经失去了再分裂的能力，问题在于要多久才能完全同化与明朝的统治之下……
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