帅印是拿下来了，可并不意味着万事大吉了，恰恰相反，真真的忙碌才刚刚开始----新船的建造要加快进度；出征的舰队要加强训练；火炮、炮弹的生产也得加速；大批调集来的水手也需要时间来熟悉新船；渡海作战的李柯部万余绿营兵要进行两栖登陆演练，还得熟悉新型火炮，同时也得根据长崎的地形进行山地战、城市战的演练。尽管早在一年前胤祚便已经暗中下令让身为山东提督的李柯借着各种名义整顿军伍、进行各种小规模的演练，但那毕竟都是私下所为，规模小不说，效果也不尽人意，此时拿下了出兵的任务之后，李柯部终于可以开始大规模的练兵行动了。
就目前的军备条件来看，渡海作战实际上是无后勤作战，由于运输工具的原因，后勤补给根本就无法从大陆大规模地向前线持续运输，这就决定了此场战役的艰苦性，若是不能做好准备，到时候兵败事小，胤祚一力想要促成的海军建设必然会遭到重大的挫折，便是他本人也得跟着吃挂落，对于胤祚来说，此战只许胜不能败。尽管胤祚事先已然做出了种种的准备，可到了老爷子真儿个下达了出兵诏令之时，才猛然发现事情多得不得了，不得已只能调动自己的全部力量进行着各种的准备工作，即便是老十四这个名义上的主帅也忙得脚不沾地。
康熙四十二年六月二日早朝，诚亲王胤祉上奏章，言明旗务败坏，闲散旗人滋事不断，京师不宁，请求圣上下诏整顿旗务。并上《旗务整顿提案》，保奏八阿哥出面整顿旗务，康熙老爷子甚赞许之，遂下诏令廉亲王领衔开始整顿旗务，一时间京师风尘四起，老少旗人叫苦不迭，廉亲王忙得晕头转向之余。也没功夫去管出兵征东瀛的事儿。河南一省的摊丁入亩、官绅一体纳粮的事儿也到了汇总的时节，核算田亩数量、定制税银的工作原本就繁琐不已，再加上钱法改制上事务极多，而户部正常运行也需要投入大量地精力，老四、老十三兄弟俩也被这些杂事儿搅得头晕脑胀，没争到帅位的兄弟俩虽有些不甘心。可也没那个闲工夫去理会水师的事情。至于胤祚、老十四这哥俩个也忙着准备出兵之事，自然不会在这个时节去惹事，一时间整个朝堂都静了下来，大家伙各忙各的，也算是相安无事了罢。
康熙四十二年八月三日，原定于八月中旬完工的二十艘大型战舰、十五艘中型战舰提前完工，连同胤祚调集的大批水手一道驶离上海码头。同时启航的还有近五十艘胤祚调集来地作为运输船使用的大型海船。近百艘舰船满载着各种后勤物资于八月二十日抵达青岛码头。早已等待多时的老十四、山东水师提督刘双成立刻着手进行人员整编，并进行大规模的海上练兵行动。康熙四十二年九月十六日，奉命代康熙老爷子为大军送行的胤祚赶到了青岛，并立刻召开战前准备会议。
此次参战的水、陆两军指挥官都是胤祚门下地奴才，而老十四也算是胤祚一边的阿哥，这场准备会倒也算是“家庭会议”了罢。作战计划是事先就已经拟定好的，各级指挥官对自己的任务早已心中有数，针对性的大规模模拟训练也进行过几回了，倒也无甚大碍。不过胤祚还是就着海图再次将计划详细地解说了一番。
长崎半岛地势狭长，除了港口之外，唯一能让舰队进行抢滩登陆的就只有天草滩的茂木町，从茂木町有条大路直通长崎港，一旦抢滩登陆之后。李柯部必须火速通过这条五十里左右地大路。直插长崎地腹背，切断长崎守军逃窜的退路。并以一部堵住守军，大部则在上西山设伏，准备伏击云仙、谏早两地区来援的敌军，尽可能地全歼敌军。水师除一部掩护登陆主力部队在茂木町登陆之外，水师主力将全力攻击长崎港，务求摧毁长崎港的东瀛近岸水师及沿岸炮台----长崎港是个漏斗形的港湾，设有大久保山、神崎鼻这两个遥遥相对的炮台，以及九尾町、大谷町共计四个炮台。
