与两人的甜蜜形成反差，剧中小伍和阿陆的命运却被一只看不见的手推动着一步步滑入深渊。
阿陆外出时发现小伍家附近多了几个陌生面孔，顿时起了警觉之心，打算等小伍回来后跟他说自己有事，连夜动身离开这里，等事情了结后再回来。然而小伍在学校里再次遭遇冷暴力，回到家后就从阿陆身上寻求慰藉，阿陆一时舍不得，就给了他一个安抚性质的亲吻。
不料小伍的妈妈事先没打招呼就突然从外地回来了，无比震惊地看到自己的儿子正和一个陌生男人抱在一起，做出不堪入目、离经叛道的龌龊之事。
在人前一向要强的小伍妈当场就崩溃了，上前打了小伍重重一耳光，并且歇斯底里地把阿陆赶出了家门。小伍想要求得妈妈的原谅和支持，在客厅里跪了整整一夜，然而小伍妈却不为所动，以自己的生命为要挟，严令他与阿陆断绝关系，以后再也不准往来。
小伍无奈答应了，内心无比煎熬痛苦，上课期间忍不住偷偷跑到校外去找阿陆，却正好撞见警察抓捕阿陆的一幕，眼睁睁地看着他被铐着双手押上警车。
小伍失魂落魄地回到学校，没过多久又有警察来了，传唤他去警局协助调查一件凶杀案。
到了警局后小伍听说阿陆原本并不叫这个名字，一个月前杀了某市一名富商的儿子，改名换姓潜逃至本地，小伍则有包庇窝藏罪犯之嫌。而且前不久阿陆还夜闯私宅，以暴力手段胁迫小伍两名同学的家长，对社会治安造成了极大的威胁。
小伍这才知道那两名同学的家长之所以不再追究他的责任，是因为被阿陆教训了一顿。他不相信阿陆是警察口中所说的穷凶极恶、手段残忍的杀人犯，还把自己和同学打架斗殴的经过如实地叙述了一遍，可是警察并不相信他的片面之辞，反而不断逼问他和阿陆究竟是什么关系。
小伍迫不得已承认了自己和阿陆是一对恋人，随即遭到了办案警察的挖苦和嘲笑，之后他被处以拘留五日的处罚。在此期间小伍妈为了他四处奔走，心力交瘁，遭受了左邻右舍的无数白眼和来自学校的巨大压力。虽然赔偿了两名同学的医药费并亲自登门道歉，但却没有得到谅解，小伍还是因为品行不端、与男性杀人犯有不良关系而被学校开除学籍。
若干天后，阿陆被押上法庭接受审判，被控告故意杀人致死以及扰乱社会治安，证据确凿，数罪并罚，被判处死刑。
行刑前，小伍得到了探视阿陆的机会。阿陆告诉他自己之所以会杀人，是因为那个富商的儿子玩弄了他未成年的妹妹后又抛弃了她，妹妹因打击过重跳楼自、杀身亡，警方却没有追究富商之子的责任。于是他去找那个混帐理论，对方没有半点悔过之心，反而怪妹妹没教养神经病，他激愤之下就把人杀了，自己也被富商的保镖刺了一刀。之后他连夜逃到这座小城，因体力不支倒在巷子里，被小伍捡回了家。
阿陆最后笑容惨淡地说，我不后悔杀了那个人渣，只后悔最后这个月招惹了你。小伍，你以后会有光明的前途，忘了我好好过日子吧。小伍哭得撕心裂肺，后来被狱警架了出去。
剧情后半段过于压抑，要不是有甜甜的恋爱来舒缓心情，袁缘怀疑自己和小伍一样会抑郁。
拍摄这部影片令他深切地体会到，和身体遭到外部损伤相比，心理上若是囿于负面情绪的后果会更严重，演员真的要拥有一颗大心脏才行，否则会极大地消耗自己的演绎生命。由此他越发为自己穿越到这个开放的时代、并且和林臻成为恋人而感到由衷的庆幸。
好在《深深深蓝》并没有残酷到底，到剧终时还是给了人一线希望。
小伍妈很快就带着小伍离开小城，搬到了自己打工所在的城市。小伍浑浑噩噩地过了半年后终于振作起来，去当地一家中学发奋苦读，一年后考上了一所名牌大学。然后剧情快进到二十余年后，小伍在事业上打拼出了自己的一片天地，成为一名受人尊敬的出色企业家，被人称为伍先生。
