叶海亚此言一出，手下将领心中恍然，也知道叶海亚这是投靠了清朝了。但是己方此刻已经和阿古柏势成水火，众将想不投靠清朝也不可能了，只能硬着头皮杀敌。
阿古柏看到清朝出兵，也有些惊讶，他没料到清朝竟然会为了一个只有几千人马的反贼而出兵。虽然惊讶，但是清朝出兵也在阿古柏算计之中。
既然早晚都是打，而现在常胜军全军出城，放弃了地利，这对阿古柏来说反倒是好事一件。阿古柏命令拉希姆带领两万人马前去阻截李明峰，他自己则继续摧动大军，对叶海亚发起猛攻。
太阳升到中天，然后再逐渐偏西，几支大军在阿克苏城外你来我往的厮杀。这一战，是李明峰入疆以来战斗最惨烈的一次。叶海亚终于没有抵挡住阿古柏的进攻，在下午三四点钟的时候全军覆没，叶海亚被乱枪打死，尸首也被砍成肉泥。
拉希姆带两万人马去阻截李明峰，但是其兵力太少，挡了几个时辰之后也支撑不住了。就在叶海亚阵亡的那一刻，拉希姆也被一枚炮弹击中，被炸成碎尸。他麾下的两万人马被李明峰这边的北疆回兵和刘铭传骑兵给冲杀的溃不成军。
兵败如山倒，阿古柏没想到拉希姆的两万人马这么快就败退了，所以他的主力部队被溃兵一冲，反倒也失去了阵型。刘铭传督率大军，奋勇上前，杀到午夜，阿古柏终于坚守不住，大军溃退。
这一战，杀的阿克苏城外方圆数十里内血流成河，鲜血染红了黄沙，阿克苏城内的沙漠成了红色，被月亮一照，显得是那么恐怖骇人。尸体堆积如山，残肢断臂遍地都是，无论是常胜军还是回兵都损失惨重。
李明峰在后军之中，看到前方如此惨烈，心头也忍不住肉痛。不用具体清点，只看地上的尸体就知道这一战至少阵亡了上万常胜军士兵。但是这些损失是值得的，因为阿古柏一伙损失更大，大战过后，阿古柏仅仅率领数千人马向西南方向遁逃。
不用老李下令，刘铭传自己就带领五六千骑兵追了下去。喀什距离此地还有千里距离，三五天之内阿古柏都休想得到援军补充，如果顺利的话，刘铭传很可能会趁着这次机会将阿古柏杀死，结束新疆征程。
可是当李明峰正想命令步兵也乘胜追击的时候，却看到阿克苏城内喊杀声不绝，城头上留守的常胜军士兵纷纷跌楼城头。城内火光冲天，枪声不绝于耳，看来常胜军士兵在城内遇到了麻烦。
伯锡尔见状，惊道：“完了！城内的回子叛乱了！”
自从进了阿克苏，伯锡尔就劝李明峰说南疆的维族生性彪悍，不服中央管辖，所以建议李明峰将城内的维族百姓全部驱逐，只留士兵在城内居住。但是老李出于拉拢民心的考虑，否定了这个提议。
在李明峰看来，必须要保持民族平等，甚至要优待维族。正所谓以德服人，只要老李对维族人宽厚，那阿古柏的分裂主义势力就没有了生存土壤。但是老李没想到，竟然因为自己的仁慈而让常胜军陷入险地。
老李万万没有料到，城内的维民竟然趁着自己出城作战，而发动叛乱，攻击守城部队。幸亏常胜军武器优良，城内维民手中别说火器了，就连刀枪都有限，所以短期内城内暴民还无法夺取城门。
李明峰见状，气的一跺脚，大骂道：“妈的，回城！”
除了刘铭传继续追击之外，残余的两万多常胜军立刻回城。此刻城内火光冲天，阿克苏的七八万居民正在城内追杀老李留在城内防守的三千士兵，常胜军这两万人马返回阿克苏之后，老李也不再讲什么宽容了，直接下令镇压反叛。
李明峰下令道：“无论男女老幼，凡是反叛的，一律杀掉！”
“是！”韦志俊和李秀成应道。
这两人都是反贼出身，向来嗜杀，现在李明峰下达这种命令，正和他们心意。
这场厮杀，倒更像是屠杀，阿克苏百姓连正经的武器都没有，如何能对抗拥有火器的常胜军？从午夜杀到第二天凌晨，城内的反叛基本全被镇压了下去。
