李明峰也不知道，维族人是抽了什么筋，对这个家族这么忠心。此时距离张格尔之乱已经有四五十年的时间了，但是新疆大乱之后，占据了喀什噶尔的大军阀司迪尔在第一时间就派人到浩罕国，接回了张格尔的儿子，大和卓的曾孙，布素鲁克来担任大汗。
阿古柏就是趁着护送布素鲁克的机会进入的新疆，由此可见白山派的和卓家族对新疆的影响力。
阿古柏毕竟是浩罕人，对和卓家族没有尊敬之情，所以他到新疆掌权之后，架空了布素鲁克，最终导致布素鲁克的反叛。阿古柏镇压了布素鲁克之后，将其赶回了浩罕，然后又扶持了他的堂兄，同样是大和卓波罗尼都的曾孙卡塔尔勒继任为大汗。
卡塔尔勒同样不甘心当傀儡，他趁着阿古柏到哈密去和李明峰交战的时机兴兵讨逆。结果卡塔尔勒出师未捷身先死，没等战胜阿古柏就被阿古柏事先安插的人手将其毒死。
毒死卡塔尔勒之后，阿古柏在新疆的维族人之中的形象立刻就改变了，这是阿古柏自己也没有料到的。本来同为穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是现在阿古柏将圣裔打跑一个，毒死一个，就让新疆人彻底的看清楚了他的侵略者本性。
所以在李明峰大军抵达喀什噶尔之后，阿古柏再度征兵都需要使用强制手段了，可见其不得民心。
李明峰虽然很难理解维吾尔人的心态，但是从这一系列历史事件分析，老李得出一个结论，维族人对和卓家族很崇拜，崇拜到了疯狂的地步。为了防止在此发生叛乱，李明峰派出了数十个探子，携带重金，深入浩罕国内部，去刺杀谋害大小和卓的后人。
老李誓要让这个家族绝种，砍断分裂主义的一面大旗。只要他们的精神支柱一倒，分裂主义的猖獗势头就会减弱，再加上其他手段，老李自信能够彻底斩断分裂主义的根源。
以前新疆是军事管制状态，没有设省，只设将军。为了能更加强有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改变新疆的制度，将新疆设省。李明峰提议取消伊犁将军，设新疆行省，以后新疆军民政务当由新疆巡抚来统领。
这样一来，朝廷就直接插手了新疆的民务，这会导致当地回王的权势暴减。这种改革，换在任何一个时候都会引起回王势力的强力反弹，但是现在不同，这帮回王连小命都保不住了，哪里还有能力和李明峰对抗？
至于吐鲁番回王、哈密回王这些忠于朝廷的家族，虽然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰对抗。而且李明峰也对伯锡尔表示过了，会尽量维护他的家族利益，这也让伯锡尔放心不少。
新疆建省，也是朝廷一直以来的追求，但是地方势力太强，这个制度一直无法实行，李明峰既然主动要承担这个任务，朝廷一定会赞同的。剩下的就是具体的建省事务问题了，包括政治区划、治所安排，官吏配置等等。
本来新疆的治所是在伊犁，但是伊犁现在处于俄罗斯的控制之下，李明峰虽然不肯放弃伊犁，但是老李也不想通过武力来解决伊犁问题。现在看来，短期内伊犁还是难以收回的，所以新疆省的治所就要换一个地方了。于是老李就上奏，请求将新疆的治所从伊犁迁徙到迪化。
于此同时，李明峰还保举了一系列的官员来充任新疆战后的官职。新疆是李明峰一刀一枪打下来的，现在也完全掌握在常胜军手中，朝廷无论是出于公道，还是出于实际分析，都没有拒绝李明峰人事安排的理由。
李明峰和伯锡尔经过多次的商议，决定根据地理、民俗、历史等各种因素，将新疆省分成哈密府、吐鲁番府、迪化府、阿克苏府、喀什噶尔府、乌什府等六府。新疆巡抚，李明峰是保举陈星翰出任，下面的六个知府和同知等官，一部分由这次立有战功的常胜军中级将领担任，一部分是由这次战争中表现良好的回王家族派人担任。
伯锡尔功劳最大，忠于朝廷，所以他的残疾长子迈哈默特被任命为新疆布政使，总管新疆全省民务。哈密的知府、同知也由伯锡尔的侄子担任。
