刘铭传带领骑兵向西一路狂追，奔袭两千里，杀入浩罕国境内，将阿古柏之子胡里伯克诛杀。看小说首选更新最快的李明峰让韦志俊带领一万步兵跟着刘铭传杀入浩罕，等到诛杀了胡里伯克之后，刘铭传、韦志俊又在浩罕国境内耀武扬威一番，给当地的领主以震慑，然后才返回新疆。
在两人远征的过程中，李明峰又让哈密回王伯锡尔给叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田）、乌什、库车、喀喇沙尔（今新疆焉耆）五座城池的回王领主写信，要求其迅速放下武器，归顺朝廷。
南疆有八大城池，现在喀什噶尔和英吉沙、阿克苏都在常胜军掌握之中，剩下的这五座城池则还处在叛军手中。此时李明峰风头正盛，对这些反叛之人也比较苛刻，老李命令这五大城主立刻无条件的到喀什噶尔来投降，否则就发动进攻，全都格杀。
一手软一手硬，一边让伯锡尔写信劝降，李明峰一边又派蔡宜群、李秀成、宋庆等人带兵到这几座城池附近驻扎，对他们进行军事威胁。
这些人看到阿古柏已经败亡，知道抵抗只有死路一条，纷纷自缚到喀什噶尔请降。他们认为朝廷还得依靠他们来统治新疆，所以这次虽然会受一定惩罚，但是小命还是能保住的，所以才如此大胆的到喀什噶尔求降。
不过，事情的发展却出乎了他们的预料，这些回王到喀什噶尔之后，立刻就被李明峰关押了起来。他们的城池领地也被常胜军给控制了起来，一时间，整个新疆都被平定了。
南疆的回王基本都没有得到朝廷的册封，只是得到朝廷的默认罢了。他们的产生也比较复杂。有的是大财主，然后招兵买马，最终靠自己的实力成了一方领主。有的是伊斯兰教的阿訇，在当地德高望重，被当地百姓推举为领主。
南疆分离主义闹的很严重，几百年来都是这样，甚至可以说，这都成了当地的风俗了。这些领主基本也无视朝廷的存在。朝廷掌握新疆的时候，他们碍于大清的军事威慑，明里是表示恭顺的，但是背地里，他们也在积极的谋求南疆的独立。
这帮维吾尔人倒还有几分忠心，两百年前，维吾尔人的统治者就是玛罕木特。玛罕木特是伊斯兰教白山派的最高领袖，是个和卓。和卓是阿拉伯语译音，又翻译为为“火者”、“霍加”，也就是圣裔的意思。
玛罕木特在位的时候，维吾尔人是蒙古人的奴隶，被准格尔汗国所奴役。后来清朝出兵讨伐葛尔丹，解救了维吾尔人。康熙皇帝最初也准备以仁义治理新疆，想在新疆培养一个类似于哈密回王家族这样的忠于朝廷的当地贵族，然后进行委任统治。
玛罕木特作为维吾尔人的最高领袖，就理所当然的成了康熙重点培养的对象。玛罕木特的两个儿子，波罗尼都和霍集占也被朝廷重点培养。
但是当朝廷消灭葛尔丹，主力撤出新疆之后，和卓家族就开始不老实了。看小说我就去玛罕木特去世之后，新疆大权落入波罗尼都和霍集占的手中，两兄弟趁着朝廷在新疆兵力稀少的时候，发动叛乱，建立汗国，自称大汗。
这时候已经是乾隆年间了，乾隆帝听闻新疆叛乱之后，立刻发兵征讨新疆，经过数年大战，彻底扑灭了叛乱，史称“大小和卓叛乱”。
这其中的小和卓，就是霍集占，李明峰原本对此人倒还有几分好印象，都是受了金庸的毒害。在金庸的《书剑恩仇录》之中，老金替霍集占说尽了好话，将其写成为了民族独立而抵抗侵略的英雄。《书剑》中的两个重要女角，霍青桐和香香公主，就是霍集占的女儿。
但是现在，李明峰是恨这些分离主义分子入骨。这么多年来，他们屡次叛乱也没有成功，不但给朝廷带来了损失，也让新疆连年征战，不得消停。
大小和卓之乱数十年之后，朝廷对新疆的控制力度又减弱了，这个时候，逃入浩罕的大和卓波罗尼都的孙子张格尔再度返回喀什噶尔，在南疆兴兵造反。张格尔虽然只身一人，但是他到喀什噶尔振臂一呼，南疆百万维族百姓都归附其旗下，这样一来，又让朝廷耗费了好几年的时间来征讨。这个事件被称为“张格尔之乱”。
