捻军现在已经打散混入到了乡村之中，李明峰会合了袁甲三和苗沛霖的大军之后，在捻军活动地带进行了两次大规模扫荡。
最初张宗禹和龚得树、侯仕维有些自不量力，把李明峰当成了李鸿章之流，三人也组织起了五万大军在淮安附近和清军展开了大规模军团战。
李明峰只调用了刘铭传、宋庆两镇兵马就将其打的落花流水，溃不成军。张宗禹、龚得树、侯仕维看到形势不妙，连忙撤退。但是在撤退的过程中，又遭到了袁甲三、苗沛霖的追击堵截，五万大军被打的七零八落，死伤至少两万人。
这一战之后，捻子彻底放弃了正面作战，完全深入民间，展开游击战。
战役过后，所有城池都被捻子放弃，清军可以直接进驻苏北。从明面上看，除了几个贼首没有被捕，捻子已经近乎于彻底覆灭了，于是朝廷又对参战军队封赏了一番。李明峰以前所受封赏太高，这次只得了一盘朝珠，以示恩荣。
当然，老李对这一盘价值几百两银子的朝珠没有任何好感，直接放到库里锁了起来。
李明峰、袁甲三、苗沛霖看到捻子撤走，都趁机抢占地盘，山东南部，衮州、临沂，和苏北的宿迁、海州等大片土地为李明峰的常胜军所占据。处于四省交界处的徐州地区被苗沛霖抢到，袁甲三所获最小，仅抢到几个县城。
果然不出李明峰所料，捻子的游击战效果极其明显。虽然常胜军和袁家军、苗家军暂时占据了城市，但是捻子在各地的不断袭扰，让清军头疼不已。
袁甲三、苗沛霖最初没有意识到游击战的厉害，和往常一样管理新获取的城池。但是随着时间的推移，他们才惊觉捻子竟然还能给他们带来巨大的损伤。
现在正是秋季，收割的季节，苗沛霖、袁甲三都在垂涎当地丰收的粮食，所以派出部队到各个村子去收缴税粮。但是村子何其多？捻子活动地区至少有数千所村庄，所以也要派出大量的收粮队，每支收缴税粮的军队多则百十人，少则数人。
这样一来，就给了捻子偷袭的机会。每股捻子或者数百，或者上千，通过当地老百姓传递的情报，总能埋伏到正要去收缴税粮的清军，或者刚刚收缴完税粮的清军。
得到遇袭情报之后，袁甲三和苗沛霖总要派大军前去支援，但是大军抵达战场之后，却发现留下的只有清军的尸体，捻子早就逃的无影无踪了。即便是在附近乡村打听，也没有一点头绪。
只不到半个月时间，袁、苗两军就遇袭上百次，死亡数千人。
不单如此，有时候捻子还会聚集起大规模部队，攻击兵力较少的县城。攻陷之后，只是抢掠屠杀一番，然后就扬长而去，绝不和清军主力对抗。这样一来，袁甲三和苗沛霖都被打的焦头烂额，损失也是极大。
袁、苗二人甚至想要让出城池，不和捻子再这么纠缠下去。
幸亏李明峰早就料到了这种作战方式的威力，占领各大城池之后，老李严令常胜军士兵出城必须至少百人同行，而且免除当地百姓当年的税粮，这样就让常胜军避免了陷入人民战争的泥潭。
别人不去管，老李单单在自己的辖地开始了筹划已久的清乡运动。
李明峰先任命常胜军的中层将领担任临沂知府、海州（今江苏连云港）知州、衮州（今山东菏泽、枣庄）知州等职，州府下面的县令也全部是常胜军将领担任，然后又设立清乡保甲制度。
以户为单位，每户人家设一户长；十户为甲，设一甲长；十甲为保，设一保长。各保就该管区域内原有乡镇界址编定，或并合数乡镇为一保，但不得分割本乡镇一部编入他乡镇之保。
大乡镇假如有好几个保，则设保长联合办公处，由保长互推一人为主任。户长基本由家长充任，保甲长名义上由保甲内各户长、甲长公推，但县令查明不能“胜任”，或认为有更换必要时，可以命令原公推人另行改推。
