陕甘的回民暴乱虽然被平定的七七八八了，但是残余分子却逃窜到了新疆地区。回民和新疆的维族人，还有中亚的各国百姓都信仰伊斯兰教，他们之间同是穆斯林兄弟，关系十分紧密。
因为当时朝廷的主要精力都放在处理太平天国和洋人的事务之中，所以导致朝廷对新疆的控制力度大减。从1862年开始，新疆各地，尤其是回民较多的北疆，都竖起了反清旗帜。库车、喀什、吐鲁番等各大城池都成了一个个的反清势力，组织了自己的武装和清军互相攻伐。
这些乱贼，势力大的，就是手底下有个几千人，势力小的，就是三五十个人聚集在一起。所以在初期根本没有引起朝廷的注意，只是派少量部队前去平定叛乱。
但是，这些乱民之中，有一个算是比较有政治智慧的，此人名为司迪尔，他占据着喀什城（维吾尔老城），手中有精兵八千，是新疆排名比较靠前的大军阀。司迪尔为了壮大，自称“埃米尔”，并且派使者到浩罕国去请“圣裔”来做他们的领袖。
浩罕国位于今天的乌兹别克斯坦，是中亚的重要国家，也是一个伊斯兰教国家。浩罕国境内，有相对来说比较多的圣裔。所谓圣裔，就是先知默罕默德的后裔。在信奉伊斯兰教的穆斯林眼中，圣裔是崇高的，尊贵的。穆斯林的国家理应由圣裔来管理，其他人都不具备这个资格。
司迪尔希望能够找到一个圣裔，这样就可以让自己更具有号召力，其他的维族势力也会因此归附到他的旗下。
1865年春，浩罕国大将阿古柏受命带兵护送“圣裔”布素鲁克到喀什。抵达喀什之后，阿古怕和布素鲁克也不客气，竟然将邀请他们来的司迪尔赶出了喀什城。布素鲁克和阿古柏雀占鸠巢，当地了喀什老城的新主人。
司迪尔没想到竟然请进来一条狼，差点把自己吃了，当然大怒。于是就带兵七千，对阿古柏和“圣裔”布素鲁克发起了进攻。
阿古柏此人勇悍无双，而且这次还有“圣裔”的支持，占据了宗教高度，所以他竟然带着一百多骑兵大败司迪尔的七千人马。其后，阿古柏又多次击败司迪尔，收编了司迪尔的部队，将司迪尔逐出新疆。
同治四年（1865年）四月，阿古柏扶持“圣裔”布素鲁克在喀什建立“哲德沙尔汗国”。建立国家之后，阿古柏南征北战，迅速的在新疆南部打下了一大片土地。
同年夏，阿古柏率军进攻喀什（汉城）。喀什是清军在南疆的唯一一个根据地了，一旦此城丢失，则朝廷的势力就会被彻底的驱逐出南疆。
而朝廷在北疆实际上也基本没有掌握几个城池了，所以，此战如果战败，大清相当于就会丢了整个新疆。
此刻，接到喀什被围的消息之后，原本对新疆的局势抱着放纵态度的朝廷终于忍受不住了，如果再任由这种局势发展下去，这片“新得的疆土”就会失去。
但是朝中此时却分成了两派，一派坚定的认为，大清的主要敌人是英、法列强，现在国家的精力应该是放在处理海防之上。至于新疆，本就是乾隆爷刚得到的领土，而且又远离中原、土地贫瘠，所以可以暂时放弃，等到朝廷势力强盛之时再发兵征讨。
另一派则认为，海防重要，塞防也同样重要。新疆五千里江山是经过康熙、雍正、乾隆三代，上百的时间才征战得来的，不可轻言放弃。
在朝中，两派人马发生了争论，其后，各地方大员也纷纷表态。在地方上，江苏巡抚李鸿章主张放弃新疆，而闽浙总督左宗棠主张征讨新疆。
李明峰在得到消息之后，立刻上书清廷，表明立场，请求朝廷立刻派兵出征新疆，驱逐阿古柏。但是慈禧却回了李明峰一封密信，信中将朝廷的难处都写了出来。
就比如李鸿章等人，也不是不想要新疆这大片领土，而是朝廷力有不怠。打仗是要银子的，而新疆地区局势复杂，绝不只是阿古柏的问题，所以这就注定了这场仗是要花费大量银子。
