等到长毛造反，天下大乱，捻子也跟着起兵了。李昭寿和薛之元因为贩卖私盐赚了大笔的银子，所以在短短的几年内，两人都成了捻军中的大头领，分别聚集起上万人马。
后来发捻联合，捻军宣布接受太平天国的领导。李昭寿对这个举动是极度拥护的，因为无论是跟着捻子干，还是跟着长毛干，对他来说都一样，反正都是给人打下手，反过来说，跟着长毛实力还能强些，造反的成功率还高些，所以李昭寿很支持捻军并入太平军。
因为李昭寿活动区域主要在苏南，所以他就划归了李秀成统领。李秀成和李昭寿两人一见如故，聊得十分投机，关系迅速升温。因为李昭寿手下的士兵，多是贩卖私盐的走私团伙，所以虽然战斗力极强，但是军纪也极差。
很多人都向李秀成告状，说李昭寿为害一方，是土匪。但是李秀成却屡屡的替李昭寿说话。后来李秀成甚至和李昭寿约为儿女亲家，由此可见两人关系之密切。
虽然李秀成总是维护李昭寿，但是其他人却看不惯李昭寿在江南烧杀抢掠。尤其是当时的太平天国第一名将陈玉成，多次上书天王，要求惩处李昭寿，以正军法。
不过到了太平天国后期，太平军基本就是土匪，这种恶行几乎每个军队都在做，洪秀全管不过来，也不想管这些事情，再加上李秀成的极力维护，所以这事就不了了之了。
但是从这以后，李昭寿也就开始暗自记恨上了陈玉成，发誓一定要报这次的仇。
虽然李秀成一直在维护李昭寿，但是李昭寿给予李秀成的好处更多。李秀成一生所立战功无数，他依靠战功，得以成为自陈玉成死后太平天国的顶梁柱。
但是李秀成立的战功和陈玉成的不同，李秀成的战功，其中有很多都是有幸运的成分在其中，并非是他本人的实力体现。
李秀成在许多次大战中得胜，基本都是依靠的外力取胜的。早期的时候，他总是和陈玉成配合作战，陈玉成是难得的名将，军事才能极高，一般的战斗都是由他指挥的，李秀成就跟在后面分功劳。
包括著名的三河镇大捷，就是陈玉成指挥并且但当的主力，但是李秀成却也分得了一份很大的功劳，成了三河镇大捷的第二受益者。
到了后期，李秀成则得到了捻军的大力支持。捻军虽然名义上归顺了太平天国，但是捻军却有自己的领导体系，并不完全听从太平天国的命令。
在联合作战中，捻军心情好的时候，就会帮太平军作战，若是心情不好，太平军哪怕是在他们眼皮子底下被剿灭，他们也不会支援一兵一卒。
幸亏李秀成和李昭寿关系非常好，而李昭寿又和张乐行、龚得树等人也关系不错，所以在李秀成带兵作战的时候，捻军经常卖李秀成几分面子，出兵帮他作战。
要知道捻军可有百万之众，得到捻军的大力支持之后，李秀成作战自然也如鱼得水，屡战屡胜了。所以李秀成能坐到太平天国第一军事将领的位置上，和李昭寿的全力支持也不无关系。
（支持正版阅读，请到中文网）
但是后来李昭寿在一次的战斗中不甚被捕，经过威逼利诱，李昭寿宣布投降了朝廷。当时太平天国内部还不知道李昭寿被捕并且投降，所以李昭寿被朝廷放了之后，迅速组织人马，控制了许多太平天国的战略要地。
等到洪秀全发觉不对的时候，李昭寿已经宣布投降朝廷了。在这次事件之后，天京北部门户洞开，清军直抵天京城下。天京保卫战的序幕，也是那时候拉开的。
当时天京危急，李秀成从苏州带领十三王救援天京。但是到了天京城下，洪秀全却认为李秀成和李昭寿关系暧昧，所以不肯放李秀成入京，只许他在城外作战。
而李昭寿也出于旧情，写信劝降李秀成。这个消息又被洪秀全知道了，洪天王立刻惊得不知所以，连忙亲手写了“千秋忠义”四个大字送到李秀成的大营之中，用以安抚李秀成。
当时李秀成还看不清形势，认为太平天国很有可能取得最后的胜利，而且投降之后，自己恐怕也难以在朝廷立足，所以李秀成就拒绝了李昭寿的劝降。
