唐继尧将滇黔靖国联军总司令部驻在贵州毕节，然后挥军入川。滇军顾品珍部由泸州东下，联合黔军王文华部突袭重庆。12月3日，北京政府派入四川的四川查办使吴光新和四川督军周道刚撤出重庆。吴光新部一直退入湘鄂边境，周道刚则败走永川。形成战局的关键性转折。12月4日，滇黔联军进入重庆，向川南进击，于12月14日占领泸州。12月8日北京政府任命刘存厚为四川督军，在成都令川军第一、二、三师重新部署，以对付滇黔联军的进攻。12月21日，川军熊克武、但懋辛、石青阳等通电加入靖国联军，推举熊克武为四川靖国各军总司令，并推举唐继尧为滇川黔靖国联军总司令。1918年1月9日，熊克武召集川、滇、黔靖国各军将领在重庆开会，决定兵分三路，直取成都。东路由滇军顾品珍、赵又新统领；中路由黔军袁祖铭、王天培统领；北路由川军第五师但懋辛统领。2月20日，三省联军攻入成都，刘存厚等部退往陕南汉中地区。至此，唐继尧以夺取和控制四川为目标的靖国战争基本结束。
唐继尧控制了滇、黔、川三省，声势显赫，更加飞扬跋扈。2月25日，他自任熊克武为四川督军兼省长。3、4月间，他借援鄂、援陕名义，又连续任命八个总司令，即以黄复生、叶荃、王文华、顾品珍为援鄂第一、二、三、四各路总司令；以石青阳、颜德基、李国定、丁泽煦为援陕第一、二、三、四各路总司令。此外，他还安插王文华为重庆镇守使，赵又新为四川军务会办，顾品珍为叙泸镇守使，叶荃为夔万镇守使等。
唐继尧为了牢固地控制四川，并进一步向陕西、湖北扩张，便以商讨北伐为名，决定于1918年9月在重庆召开川、滇、黔、鄂、豫五省联军会议，并就任“五省联军总司令”职。会议除了川、滇、黔军主要将领外，还有湖北靖国军总司令黎天才、河南靖国军总司令王天纵等。
9月10日，唐继尧以贵州毕节到达重庆南面的綦江，故意逗留一周之久，以显示“联帅”的威风。9月17日，他才前呼后拥、戒备森严的情况下到达重庆。这一天，重庆全城戒严，唐继尧在二十一响礼炮和盛大的仪仗伴随下，乘坐八抬绿呢大桥入城，然后乘其黄骠坐马，足登金镫，浩浩荡荡，威风凛凛，进入行辕。
在重庆联军会议上，唐继尧抛出一份早已草拟的以“准备北伐案”为题的《川滇黔三省同盟计划书》。他和贵州督军刘显世早已签了字，现在就等四川督军熊克武签字。这份同盟计划书的主要内容有：四川兵工厂作北伐军械弹药补充，归联军管辖支配，实则全归滇黔军所有；造币厂亦归联军管辖支配；四川全省厘税，包括盐税、并税、酒税等，作北伐军军饷的补充，实则是作滇黔军的军饷；资中、资阳、简阳、叙府、泸州、重庆、万县及自流井、荣县、威远和会理、宁远、酉阳、秀山各属，凡川东南财富之区，悉作滇黔军所有；上述各项由联军总部在重庆特设机构主持办理。对于这份实则“亡川”的同盟书，熊克武拒绝签字。唐继尧无奈，于10月2日发布援鄂援陕命令后，会议草草收场。唐继尧也于10月8日离开重庆，经泸州返回昆明。
唐继尧利用孙中山护法这块招牌，打着靖国的旗号，以滇、川、黔、鄂、豫、陕、湘、闽八省联军总司令自命，使他的声威达到顶峰。这时，北洋直系军阀为对付皖系段祺瑞，鼓吹以“和平”方式解决西南争端，以唐继尧、陆荣廷为代表的西南军阀立即响应。1919年2月南北和议开始以后，直系吴佩孚与西南军阀的勾结进一步加紧。随后，双方共同签订了《救国同盟条约草约》。这样，唐继尧与孙中山为首的革命党人的距离愈来愈远。
