于是有了第五研究所之行，爱德华在潜入第五研究所时，由于恩维被干掉，导致只剩下拉斯特与库拉多尼。
但是对付已经受重伤的爱德华依旧是轻松如意。
于是爱德华与阿尔逢斯在重整心情后，决定去找师傅。于是两人抱着胆战心惊的心情，前往南部的达普利斯。
另一方面，休斯终于完全确认真相。
尤其是他一一对照拉斯发动战争的地点，以及动乱的地点后，确认王平的猜测是真的，他在发现证据后，却也被拉斯特发现了。
于是他先逃出拉斯特的追杀，原剧情的恩维由于被杀，导致休斯逃出生天，可是为了保护家人，在罗伊的建议下选择假死脱生。
另一方面，来到达普利斯的爱力克兄弟，讶异地看着与师傅夫妇谈笑的男人，龙造寺淳平，曾经被全国通缉的存在。
如今竟然在这里与师傅在聊天，对于在这里受训的两兄弟，接着就被伊兹米揍翻了，两兄弟被彻底打蒙了。
毕竟成为国家炼金术师这种事，会被打他们也有所觉悟了，但是被打得太突然了。
王平则被留下与他们一起用餐，“我们国家的炼金术有问题，一开始我没察觉。可是在我越过沙漠时，来到清国时，在那里我学会炼丹术后，就发现问题了。”王平在餐桌上对着爱力克兄弟说道，他还怀疑被追杀，也许跟他去清国有关。
不过此时的爱力克兄弟还没太过深入。
因此对于王平的说法有点不懂，但是伊兹米却是脸色大变，听到王平对于炼丹术的说法，是找寻天地地脉借用其能量。
而这国家却是可以随意借用，这是很大的不同，她也开始怀疑这国家有问题。
这时候刚好古利德出现，将阿尔冯斯抓走。于是爱德华右是单独一人去面对，双方正在谈判时，墙壁被踢破了，伊兹米与王平出现了，两人几乎是无敌的殴打着古利德，让古利德只好逃出去，这时候拉斯手持双剑出现了，古利德被疯狂斩杀，这十双刀突然砍向王平，“我说你砍错地方了吧。”王平用刀跟鞘格挡拉斯的双刀，与拉斯对视说着。
“在这里看着，我的目的是古利德，别给我找麻烦。”拉斯对着王平说道，冷笑着收回了双刃，王平就这样看着拉斯的表演，并且堤防这位大总统有其他动作，而随着古利德被收拾，两兄弟开始回程，再去接温莉途中遇到了姚麟，那怕王平带走兰芳，姚族还是派人过来支援。
而因为见识到王平的厉害，皇帝对于贤者之石更想要了。于是被姚麟找到机会，前来亚美斯利多斯，而另一方面罗伊由于搜查动作太大，被人发现端倪，于是玛利亚。
罗斯依旧被冤枉，被王平与罗伊两人联手送到东边，由张梅等人接应到清国，而不之情的爱力克兄弟与阿姆斯壮少校，在见到罗斯之后才理解王平与罗伊的帮助多大。
而在罗伊对抗着上面的压力时，并连络还在中央市的阿尔冯斯，配合66号盔甲，开始展开钓鱼，刚好这时候恩维重新被制造出来。
于是用出剁碎手巴利的肉体，准备袭击罗伊等人。于是拉斯多被钓了出来，当布博克为了挽救丽莎。
霍克爱时，被拉斯多次伤了脊髓，幸好罗伊及时赶到。
于是出现了罗伊不断将拉斯多烧死的一幕，王平干掉恩维给了罗伊对抗人造人的希望，在拉斯多被彻底烧死后，新出现的恩维，看着罗伊，阻止了库拉多尼的爆走。
然后彻底的退去，罗伊也看着新复活的恩维，感到伤脑筋，人造人可以复活让他很苦恼。
另一方面爱德华回到故乡后，遇到霍恩海姆，终于解开炼成阵的谜团，在得知自己不是杀死母亲第二次后，爱德华完全得到解脱，另一方面伊兹米也因此得到解脱。
在双方得到解脱的同时，姚麟遇到危机了，姚麟被拉斯追杀完全无法对抗，新部下被杀，姚麟只能孤身逃出，刚好遇到库拉多尼袭击回来的爱德华兄弟，并与修卡展开混战。
于是趁机将库拉多尼抓住，准备带回清国，而爱力克兄弟一起对抗修卡。而这时候王平出现了，挡住爱力克兄弟的攻击，带走修卡。
