但是，教会教育在本质上毕竟伤害了中国人民的民族感情。其传播宗教，也违背了科学精神。因此，1922年3月，中国社会主义青年团在上海发布宣言，迅速在全国掀起了“非基督教运动”。到1924年，这一运动便发展为大规模的反对教会教育的“收回教育权”运动。
1924年春，广州英国“圣公会”创办的“圣三一”学校的英籍校长，禁止学校组织学生会，禁止学生举行“五九”国耻纪念，并一再开除学生，扬言“学校内不许中国人自由”。这引起了学生的愤怒并掀起了罢课斗争，他们发表宣言，提出了“在校内争回集会结社自由”“反对奴隶式教育”等主张，得到了广州圣心学校、南京明德学校、福州协和中学等10多所教会学校学生的声援，在全国范围内掀起了“收回教育权”的运动。6月18日，广州成立了“广州学生收回教育权运动委员会”，并发表了《宣言》，揭露了帝国主义在中国实施教育侵略的阴谋，提出了收回教育权的四条最低限度：一是所有外人在华所办之学校，须向中国政府注册与核准；二是所有课程及编制，须受中国教育机关之支配及取缔；三是凡外人在华所办之学校，不许其在课程上正式编入、正式教授及宣传宗教，同时也不许其强迫学生赴礼拜堂念圣经；四是不许压迫学生，剥夺学生之集会、结社、言论、出版等自由。
1924年4月，中华教育改进会在其通过的决议中，也提出三项要求：要求政府调查凡外人办学确属侵略者，应勒令停办；外人办学一律注册；要求政府于相当时间里接收外人学校。1924年10月，全国教育会联合会通过了《教育与宗教分离案》，提出三项内容：各级学校中，不得布置宗教或使学生诵经、祈祷、礼拜等；各教育官厅应随时严查各种学校，如遇有前项事情，应撤销其立案或解散之；学校对教师或学生无论是否教徒，应一律平等对待。同时还通过了《取缔外人在中国办理教育事业案》，认为外人在华办学有四种流弊：（1）外人在中国办学不向中国政府注册是侵犯中国教育权；（2）外人所办学校不合中国教育本义；（3）外人所办学校迹近殖民，有使中国之独立精神被撕去的危险；（4）办学人无意办学，只把办学作为附属品，因此，任意设谋不切中国需要。在此决议中提出了三项解决办法：外人办学应一律向中国政府登记注册；注册后应听从中国政府的监督与指挥；不得利用学校传布宗教。
1925年“五卅”运动前后，“收回教育权”运动达到**。激于爱国义愤，许多教会学校的师生大批退校，以此反抗帝国主义的暴行，著名的上海圣约翰大学学生全体退学，另组光华大学。在群众运动推动下，1925年9月，广东国民政府召集了收管教育会议，着手接管教会学校。北京临时执政府也于1925年11月公布《外人捐资设立学校请求认可办法》6条，规定：凡外人捐资设立的各等学校，须向教育官厅请求认可；学校名称前应冠以“私立”字样；校长须为中国人，如原校长为外人，必须以中国人充副校长；中国人应占校董事会名额半数以上；学校不得以传布宗教为宗旨；学校课程须遵部定标准，不得以宗教科目列入必修科。
