汉代的经学在流传过程中，出现了今古文之争。
所谓今文经，是指用汉代通用的隶书写下的经典；古文经，则是用秦汉以前通行的古文大篆写下的经典。秦始皇焚书，将民间的诗、书、百家语等焚烧殆尽。秦亡时，项羽一炬，又使秦宫所藏典籍蒙受重大损失。汉惠帝除挟书之令，残存典籍得以复出。起初传习的经典是经生们用隶书传抄的本子，后来民间私藏的经典的古文原本逐渐出现，这两种本子内容本来就有差异，经生们世代师承的解说更有很大分歧。“它们的不同，不仅在于所书写的字，而且字句有不同，篇章有不同，书籍有不同，书籍中的意义有大不同；因之，学统不同，宗派不同，对于古代制度以及人物批评各各不同；而且对于经书的中心人物，孔子，各具完全不同的观念。”[35]大体说来，今文经学继承先秦诸子遗风，欲以其道术经纬天下，主张通经致用。他们注重对微言大义的阐释，讲述的重点是历史哲学和政治哲学。古文经学在章句训诂典章名物上多所用心，重历史而不重哲学，倾向于承担保存与传布文献的责任。他们各得一端，为谁得儒学真传的问题展开了论争。这一论争从西汉末年开始，延续到清朝末年，直到现在学界仍有不同的看法。
汉代今古文的争论，史书上明白记载的有四次。
哀帝以前，立在学官的《五经》及各家学说，都是今文。刘歆在校理国家图书时，发现了一些古文经传，建议立《左氏春秋》、《毛诗》、逸《礼》、古文《尚书》于学官。哀帝令刘歆与五经博士讨论，诸博士不愿理睬。刘歆请求丞相孔光支持，孔光又不肯。刘歆便写了一封《移让太常博士书》，申明自己的见解。信中论述：今文经传经秦火之后，已残缺不全，而且有的著作虽由经师口耳相传后成书，毕竟不如当时笔录之书可信。古文经传或出于孔子宅壁（古文《尚书》、逸《礼》），或作者亲见孔子（《左氏春秋》），都信而有征。这封信因否定了当时经学传承家法，引起诸儒怨恨。名儒光禄大夫龚胜愤而上书辞职，大司空师丹奏告刘歆改乱旧章，非毁先帝所立。刘歆在强大的压力下，自求外放，出为河内太守，古文经传自然不得立于学官。王莽篡汉，刘歆以佐命之功被立为国师，因为古文经适应王莽改制的需要，上述四部经典才被立于学官。这是第一次争论。
王莽倒台，古文博士随之废除，但古文经的地位已有所上升。东汉光武帝时尚书令韩歆上奏，请立《费氏易》、《左氏春秋》博士。建武四年（28年）正月，光武帝令公卿、大夫、博士等于云台讨论此事。今文学家范升认为：“《左氏》不祖于孔子，而出于丘明，师徒相传，又无其人，且非先帝所存，无因得立。”韩歆、许淑等与之辩论。会后，范升又上奏，言“《左氏》之失凡十四事”，指出如立《左传》博士，将造成“五经奇异，并复求立，各有所执，乖戾分争”[36]的局面。古文学家陈元闻之，诣阙上疏与之争。两人又反复辩论十余次，最后光武帝决定立《左氏》博士。此举引得诸儒议论纷纷，正赶上博士人选李封病故，《左氏》复废。这是第二次争论。
此后，信仰古文学的人渐渐多起来，连一些今文经师也颇涉猎古文学，今古文之争也深入到对各自短长的比较上来。章帝建初元年（76年），古文家贾逵承帝命条奏《左传》大义长于《公羊》、《穀梁》二传者；又言今古文《尚书》同异，成书三卷，撰齐、鲁、韩三家《诗》与《毛诗》同异。今文家李育尝读《左传》，虽乐其文采，但以为其不得圣人意，且多引图谶，不合理义，作《难左氏义》四十一事。建初四年召开白虎观经学会议时，贾、李又就此展开辩论，二人“往返皆有理证”[37]。这是第三次争论。
