在蔡元培与陈独秀珠联璧合，共同推进新文化运动之前，二人的思想进路，同中有异。这一点，是我们理解前者在新文化运动中个性独具的重要切入点。
1912年7月，蔡元培辞去教育总长，留学德国。在欧期间，他先后参与发起组织世界社、华法教育会等。包括稍后的留法俭学会在内，这些团体的目的都在于“相与致力于世界之文化”，“俾青年子女，得吸收新世界之文明，而进益于社会”。[1]蔡元培经历过戊戌政变，深感康、梁的失败，归根结底，端在不先培养革新人才，而欲借少数人成事，故坚信致力于人才培养之教育，乃是救国之不二法门。[2]1916年9月，教育总长范源濂邀蔡元培归国出长北京大学，不少友人以为北大腐败，不足与为，力劝婉拒；但他深思之后，仍毅然应命。他在致友人信中说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育，又似不及在国内之切实。”[3]足见其着眼点，仍在看重教育。历史证明，蔡元培是对的，他抓住了历史的机遇。
与此同时，陈独秀以自己独特的思考，同样也抓住了历史的机遇。1913年“二次革命”失败后，他先亡命上海，次年应章士钊之邀，至日本助其编辑《甲寅》杂志。陈独秀一度思想消沉，但终在李大钊激励下，决心重新奋起。他对汪孟邹说：“让我办十年杂志，全国思想都全改观。”[4]第二年，他果然创办了《青年》杂志，开创了思想界的新纪元。有趣的是，蔡元培与陈独秀不约而同，都曾撰文反思“袁世凯现象”，以为它反映了国人集体无意识中的思想痼疾。但前者强调，“振而起之，其必由日新又新之思想，普及于人人，而非恃一手一足之烈”。[5]这自然舍教育莫由；后者则强调，“吾国思想界不将此根本恶因铲除净尽，则有因必有果”。新青年“勿苟安，勿随俗，其争以血刃铲除此方死未死余毒未尽之袁世凯一世，方生未死，逆焰方张之袁世凯二世，导吾可怜之同胞出黑暗而入光明！”[6]这自然是端在办杂志，以诉诸激烈的思想批判和舆论宣传。陈独秀所谓“让我办十年杂志，全国思想都全改观”，其命意也在于此。
由上可知，发展新思想新文化，是蔡元培与陈独秀的共同目标，差异只在策略与路径有别。然而，两人一经联手，差异恰成互补，浸成珠联璧合。蔡元培到京后，经汤尔和推荐，并在读过《青年》杂志后，决然聘请陈独秀出任北大文科学长。后者最初不想受聘，“说要回上海办《新青年》”。蔡元培劝他“把《新青年》杂志搬到北京来办”，[7]他才答应就任。前者的高明，于此可见一斑。《青年》杂志借北大的平台，从此愈益发舒，类多能言；但是，人们似乎又忽略了问题还有更为重要的另一面，即蔡、陈联手，依托北大，从此奠定了新文化运动发展全新的格局：蔡元培“主内”，将北大改造成了新文化运动强大的策源地；陈独秀“主外”，借《新青年》“横扫”旧思想旧文化，为北大及全国新教育的发展创造了日益改善的外部环境。二者相辅相成，并行不悖，最终助益于推动“全国思想都全改观”宏大目标的实现。需要强调指出的是，此一格局的成立，还有赖于蔡元培的智慧：他提出的“思想自由原则”、“兼容并包主义”和教员“其在校外之言动，悉听自由”的法则，[8]为其提供了有力的学理依据。
明白了这一点，我们便不难理解在新文化运动中，蔡元培的独具个性，集中表现在以下几个方面：
第一，集中精力将北京大学改造成了新文化运动的策源地和示范区。
