其一，尖锐批评新文化运动的流弊。蔡元培对新文化运动有崇高的评价，以至于将之与欧洲的文艺复兴相提并论。例如，他在旧金山中国国民党招待会上演讲，说：欧洲文艺复兴始于但丁的文学，“今中国之新文化运动，亦先从文学革命入手。陈独秀、胡适、周作人、钱玄同诸氏所提倡之白话文学，已震动一时。吾敢断言为中国文艺中兴之起点”。[6]至于他亲自为胡适的《中国古代哲学史大纲》作序，予以高度评价，大力推荐，如何有力地提升了作者的声望，更是人所尽知。但是，这一切并不影响他尖锐批评新文化运动存在的流弊。1919年12月蔡元培在《文化运动不要忘了美育》一文中指出：文化运动已成时髦，“解放呵！创造呵！新思潮呵！新生活呵！在各种周报上，已经数见不鲜了”。但是，人们若不能超越利害，保持平和的心态，单凭个性的冲动，环境的刺激，而投身新文化运动的潮流，必然会出现三种流弊：一是言行不一。看得明白，责备别人也很周密，但是，“到了自己实行的机会，给小小的利害绊住，不能不牺牲主义”；二是假公济私。“借了很好的主义作护身符，放纵卑劣的欲望”；三是偏激与急功近利。“想用简单的方法，短少的时间，达到他的极端的主义”。他强调，上述三种流弊，事实上已经发生了：“这三种流弊，不是渐渐发见了么？一般自号觉醒的人，还能不注意么？”为此，蔡元培呼吁“文化运动不要忘了美育”，以便“引起活泼高尚的感情”，[7]使文化运动得以健康发展。
其二，不赞成简单否定旧文化，主张对复杂的文化问题，应持分析的态度。陈独秀诸人不乏批判旧文化的勇猛气概，但他们强调新旧不两立，主张不塞不流，不止不行，全盘否定传统，不免失之简单化。蔡元培对此不以为然，主张对复杂的文化问题，应持分析的态度，反对绝对化。他指出：“我们既然认旧的亦是文明，要在它里面寻出与现代科学精神不相冲突的，非不可能。”例如，孔子强调因材施教，“可见他的教育，是重在发展个性”；他说“学而不思则罔，思而不学则殆”，“这就是经验与思想并重的意义”；所谓“多闻阙疑，慎言其余，多见阙殆，慎行其余”，“这就是试验的意义”。[8]蔡元培主张白话文，他曾指示北大平民学校中学班，“国文全练习白话文”。[9]但是，他并不认为一定要绝对排斥文言文。他在女高师讲演说：“我敢断定白话派一定占优胜。但文言是否绝对的被排斥，尚是一个问题。照我的观察，将来应用文，一定全用白话。但美术文，或者有一部分仍用文言。”[10]他在另一处又说：“我信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文，用白话也好，用文言也好。”[11]同样，蔡元培全力支持新文学，但相信旧文学也有自己不容否定的价值：“旧文学，注重于音调之配置，字句之排比，则如音乐，如舞蹈，如图案，如中国之绘画，亦不得谓之非美术也。”[12]他既热心地为沈尹默的新体诗集作序，同时也不赞成“青年抱了新体诗的迷信，把古诗一笔抹杀”，[13]故同样乐于为浦瑞堂的《白话唐人七绝百首》作序。蔡元培主张对新旧文化问题持更加冷静、平和与客观的分析态度，于此可见一斑。
