奥菲斯教—毕达哥拉斯学派的灵魂概念，标志着人类的自我意识的进展中的一种重要阶段，没有这种进展，柏拉图和亚里士多德不可能进展到这种理论，即认为人的精神是神性的，并认为人的感性的本性能够和他的真正精神本性的自我相分离开来。正是这种分离，使人的真正作用得到完善。恩培多克勒受到这种观念的激励。他意识到自己的灵魂在伊奥尼亚哲学的秩序井然的宇宙中找不到归宿，从而转向从奥菲斯教—毕达哥拉斯学派的灵魂概念中寻求补偿，为自己在这个宇宙中找到一个位置。正是这种观念，促使他在《净化篇》中追随奥菲斯教—毕达哥拉斯学派的灵魂观。
首先，恩培多克勒认为人的灵魂本来住在诸神的乐园里，同诸神共享至福，由于堕落而被放逐和轮回转生。
恩培多克勒声称他自己因为相信“争”，所以成为从天上放落下来的流浪者：“从那光荣之乡，从那至高的福境，我堕落在这大地，徘徊在芸芸众生之中。”[18]而灵魂之所以会获罪而堕落，是同爱和争两种力量的斗争紧密相关的。在《论自然》中，爱和争主要是作为物质性的、使事物结合和分离、吸引和排斥的力量。可是在《净化篇》中，爱和争主要是作为善和恶两种伦理价值的力量，可以使灵魂从善而升华或使灵魂作恶而获罪的两种对立的精神原则了。在他看来，由“争”主宰的宇宙是恶的宇宙，由“爱”主宰的宇宙是理智的宇宙。爱和争是善和恶两个对立的原则。按照它们之间的逻各斯，事物被“争”分割开来，又被“爱”结合在一起，成为和谐的“一”[19]。
在恩培多克勒看来，灵魂所寄托的凡间现实世界，在很大程度上处于“争”的影响下。“争”是人类所处的凡俗生活，是造成种种纷乱、战争、灾难和死亡的罪恶的渊薮。他以阴郁的口气向接受布道的听众们描绘：人们生活的尘世，是一个充满纷争、不幸和哀怨的悲惨世界。他说：“当我看到这陌乡异壤，我悲泣，我呜咽”，灵魂降生到这大地，“我们只是来到这客居的洞穴之中”[20]。人世间存在着种种对立：“有着血污的争斗和慈善的和谐，公道和邪恶，兴盛和凝滞，可爱的确实的真理和黑暗的变易无常，生和灭，睡和醒，动和静，加冕的帝王和群氓贱民，安宁和喧嚣”等。[21]人们生活的这个现实世界充满了种种灾难。他哀叹：“这个悲哀的大地，总是伴随着死亡、神谴和给人厄难的征伐；炙人的瘟疫、腐烂和洪水于黑暗中在草地上泛滥。”[22]任何生物都可以变成僵死的枯骸。因此，他要听众们幡然醒悟：“唉，凄苦的芸芸众生，哀愁无福的人们，你们就是这样从争和哀怨中出生的!”[23]
其次，恩培多克勒认为，灵魂在未获罪，没有被神放逐以前，是同神生活在至善世界里，是一个理想的“黄金时代”。同这个苦难的尘世相对照的神圣乐园，并不在希腊通俗宗教和神话传说中的奥林匹斯山上。在他的天堂中，爱神阿佛洛狄忒的权威代替了宙斯，诸神（他也称为“精灵”）和万物一起过着宁静和谐的生活：在他们中间，没有被崇拜的战神，没有争斗的呼号，没有宙斯作为他们的王，没有太阳神克洛诺斯，没有海神波塞冬，只有爱神才是女皇。他们将神圣的礼物献给她，为她描绘肖像；种种香膏和没药脂、甜醇的乳香，芳香扑鼻，棕色的蜂蜜作为美酒洒在地上。那里没有被公牛血的恶臭所玷污的祭坛，而且那种撕裂生物吞噬它们美好的肢体的行为，被认为是最可恶的亵渎。[24]
恩培多克勒所描绘的这个乐园，是由爱的原则所主宰，四季如春，树木长春，没有战争和痛苦，只有和平与欢乐。诸神同万物相亲相爱，和谐地生活着。这种理想，是和当时希腊世界的纷争有关。公元前5世纪，希腊正经历着剧烈的社会动乱，民众饱尝战争与疾病的灾祸，从而向往一个极乐世界。
恩培多克勒所描绘的这样一个乐园，在某种意义上，是以宗教神话的形式，表达了人民对美好生活的向往。
