陈子坚听后也表示同意，孙百里却为难地说：“可是你们都忽略了一个非常重要的问题：政府任命我为绥靖主任，把蔡军长置于何地呀？我和军长既是世交，又得到他的多方照顾，还委以重任，怎么能接受这个职位呢？”
李从文摇摇头说：“军长是肯定不会回来了这次事变搞成这个样子，了解内情的人知道责任不在他，但是底层的士兵会怎么想就很难预料了回过头来看，如果弟兄们真的支持福建人民政府的话，七十八师肯定不会败的那么快了，难道中央军比日本人还厉害？那些叛变的部队也绝对不是几个高级军官贪图荣华富贵这么简单廖启荣他们当时肯定也是赞成的，只是没想到政府会要分割部队而已，最后的起义，其实是被逼上梁山的六十师和六十一师绝对不会真心希望军长回来的”
听了李从文的一席话，孙百里感到非常惊讶，这才意识到，其实在士兵的心里都有一杆秤，当官的如何看待他们，他们也就会如何回报当初军长决定舍命陪君子的时候，实际上压上的不仅仅是他自己的前途命运，还有全军几万将士的信任
想通了之后，孙百里不再考虑这个问题，开始和团长们商量谈判的细节问题，一直到东方露出鱼肚白才谈妥了大致的方案紧接着，孙百里在上午十点钟召集十九路军团长以上军官开会，商量和政府谈判的事宜结果和李从文分析的一样，军官们全部同意在陈诚所提的基本条件下进行谈判，对由孙百里出任绥靖主任没有表示任何异议，显然已经对蔡廷锴失去了信任
当天下午，孙百里和廖启荣、谢鼎作为十九路军的代表和陈诚开始谈判由于中央军急于从福建脱身，顾问团又从侧面施加压力，所以这些军人之间的谈判进行的异常顺利，四个小时后，双方初步达成五点共识：第一，十九路军即日通电全国，声明拥护国民政府；第二，双方立即停止敌对的军事行动，十九路军撤出对三十四师的包围，中央军停止进入福建，滞留在福建的部队也分批撤离；第三，交换俘虏；第四，军事委员会发布命令，恢复十九路军的番号和编制；第五，任命孙百里为福建绥靖公署主任兼十九路军军长，负责全省军政事务；第六，在福建全省各主要城市建立国民党支部，十九路军不得干涉其党务工作但是，在海关问题上，谈判一度陷入僵局陈诚认为海关不但是国家税收的来源，同时也是主权的象征，福建各海关的关长必须由中央任命，海关的税收要全部上缴国库作为十九路军最大的收入来源，一旦放弃，所有的补给势必全部依赖中央，受制于人，所以孙百里坚决不同意最后，孙百里决定以退为进，表示同意陈诚的提议，但是中央必须保证每个月为十九路军提供一百万元的军费和足够的武器弹药以目前福建的经济状况，海关一年最多也就五六百万的收入，陈诚感觉不划算，不同意孙百里的提案克劳茨感觉谈判有继续僵持下去的迹象，只好出面调解，说服双方各让一步：各海关的关长暂时由孙百里任命，海关的收入全部充作十九路军的军费，但是五年以后，中央将恢复对海关行使权力
谈判结束后，孙百里和陈诚分别在协议上签字，然后直接用十九路军的电台发往南京备案克劳茨和项天虽然非常想和孙百里好好聊聊，但是又无法避开陈诚，只能简单地聊聊家常，最后依依不舍地离开，从厦门乘船返回南京
从协议生效的当天开始，中央军滞留在福建境内的各支部队，包括被包围在厦门的三十四师在内，陆续和十九路军脱离接触，分期分批撤离
与此同时，孙百里把总部从漳州迁移到福州，紧接着连续发出一系列任命：李从文为七十八师师长，把被中央军俘虏的和溃散在福建各地的原七十八师士兵约三千人重整编；任命钟武为独立旅旅长；马鸿兴为五十六师师长；叶文龙为四十九师师长；陈子坚为二师师长；杜周南担任福建省财政厅厅长然后又把漳州军政学校迁至福州并名为福建军政大学完**事任命后，孙百里派钟武率领独立旅协同马鸿兴部扫荡闽北的地方武装在福建事变中被中央军收买的刘和鼎等人随即沦为此次谈判的牺牲品，不但被撤去师长旅长的官职，所属的部队还要被收编不甘心接受命运的刘和鼎率部抵抗，但是只坚持了一个星期就被歼灭，刘和鼎本人被俘后，押送到福州枪决，闽北地区随之安定下来
刘谦在停战协议签订后的第五天才从香港返回福州，把在香港拜见蔡廷锴的细节向孙百里作了详细的汇报蔡廷锴得知孙百里重扛起十九路军的旗帜，感到十分欣慰，希望能够把十九路军发展壮大同时明确表示不愿意返回福建，称已经厌倦了军旅之事，准备不日赴欧洲各国游历考察在刘谦临行前的一天，孙百里代表十九路军和国民政府签订停战协议的消息传到香港，陈铭枢等人闻讯大怒，痛骂孙百里贪生怕死，和毛维寿等人是一丘之貉惟独蔡廷锴微笑着对刘谦说：“百里老弟终于成熟了知道什么是对十九路军、对国家和民族有利的”
听完之后，孙百里感慨万千，说：“军长能够这么想，我真的感到由衷的高兴现在不知道有多少人骂我忘恩负义，是个道貌岸然的伪君子但是只要军长能理解我的用心，就不怕面对千夫所指”
刘谦忙说：“旅长不用介怀，是非自有公论福建能够这么快恢复和平，谁都知道你的功劳最大”
孙百里笑着说：“功劳是大家的离开了弟兄们的支持，我也什么都干不了”
刘谦接着说道：“还有一个好消息，差点忘记了军长说过几天要派军需处长黄和春送一笔款子和一批物资过来”
孙百里问：“是什么物资？”
刘谦回答道：“我们十九路军在福建事变之前曾经从德国订购了一批军火，但是还没有运到事变就失败了，所以至今仍然滞留在香港而那笔款子也是在事变之前，蒋介石让宋子文交给黄和春，准备用来收买军长的，好像是五十万元军长说他对不起十九路军的弟兄，希望能用这些来弥补自己的罪过”
孙百里激动地说：“军长对十九路的感情实在是深厚的无以复加其实他哪里有什么罪过呀”然后看着刘谦，语气坚定地说：“我们一定不要辜负军长的期望，努力壮大十九路军，让他可以堂堂正正地回来”
