在康熙亲政前的一段时间，清朝与郑氏之间一直处于胶着的状态，双方虽然会经常发生一些军事摩擦，但都没有对彼此造成致命性损伤，这是因为，从郑氏方面看，他们势力相对弱小，还不足以威胁到清廷，而从清廷当局来看，大陆各地南明势力依然存在、农民起义也偶有发生，清廷暂时无法集中精力解决台湾问题，况且清军不擅水上作战，茫茫大海成了保护郑氏方面的一个天然屏障。
不过台湾问题始终要解决，既然武力解决不了，那么，就采用招降和和谈的方式。
于是，康熙八年（1669年）八月，刚刚亲政的康熙就派出刑部尚书明珠为钦差大臣，奉旨赴福建主持和议，并派知府慕天颜入台宣抚。此次，康熙作出重大让步：“允许郑氏封藩，世守台湾。”又因郑经故意“苟能照朝鲜事例，不削发……”致使和谈失败。
于是，朝廷就将目标转移到中下层将士身上，通过招抚，分化瓦解郑氏的力量。尤其是郑成功去世后，郑氏内部接连发生争权夺利的内部斗争。
首先是郑氏家族中郑经与其伯父郑泰之间的矛盾。郑泰是家族中的长辈，且长期掌管家族中的财政大权，又率部留守金夏，比郑经势力更盛，遭到郑经的妒忌。
而在郑氏大权的问题上，郑成功逝世后，台诸将举郑成功之弟郑世袭护理国事，而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“**”，不堪作为台湾之主，郑泰拥护的就是郑世袭，并和郑世袭的骨干黄昭有过密切的往来。
郑经在知晓这些后，在思明继位发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，整师准备渡台。在渡台后发现了郑泰和黄昭的来往信件，对郑泰起了杀心。于是，康熙三年（1664年）的六月七日，郑经设计诱郑泰到自己的帐中饮酒，将其勒死，然后派兵抄了他全家。
郑泰的弟弟郑鸣骏及其儿子郑缵绪走投无路，便集结了手下四百余人、兵马一万余，船三百艘来到泉州港，表达了对清朝的归顺。此时的康熙还处于四大臣辅政时期，朝廷认为此事就是收复台湾的最好时机，经过朝廷内部一致商议决定，派海澄公黄梧、福建总督李率泰、提督马得功分别从海澄、同安、泉州三路攻打郑氏盘踞的金厦。
十月十九日，马得功所部与郑军在金门乌纱港大战，清军因不善水性而大败，马得功投海自尽，但黄梧、李率泰两路人马则成功打败了郑军，守护高崎的郑军投降。郑经退守铜山，清军收复了金厦。随后，李率泰到处招降，并开出优厚条件，郑军军心涣散，但此时的郑经依然不投降。
招降郑经的部下让清军看到了希望，于是，清廷从兵部、户部各派两名官员长期在福建、广东、浙江、江苏四省诱降郑军中下级军官，条件是：不问真伪，凡是海上武官率众投降按原官衔继续当官，单个人投降的，降四级续用，有立功者降二级续用，同时，武官也可以改为文官。
这一招降的条件实在太优厚了，郑军上下人心浮动，大家争相投降，已无心再战。其中，郑经将领林顺在他的好友施琅的鼓动下投诚，并且，带领文武官员3985人一起投到清军麾下。还有周全斌、皇廷二人，他们原是郑经退回台湾后留在铜山断后的，但他们不想远离家乡，所以也选择了投降。
康熙十二年（1673年），三藩之乱爆发，已经退居台湾的郑经发现有机可乘，于是，他派船队集结于澎湖，准备兵变。第二年三月，耿精忠叛变，在他的邀请下，郑经开始攻打厦门。当时，清军的主力在与吴三桂的战场上，耿精忠又在攻打江浙，郑经趁机占领了闽海、粤东沿海部分地区，包括漳州、泉州、汀州、兴化、邵武等地和潮州、惠州、广州的一部分州县。其实，郑经的本意并不是和三藩合作，而是想借此机会拿回自己从前在闽粤的据地，而这两个地方，原来在耿精忠和尚之信的控制之下，且他们的矛盾也在逐渐激化。
