但是很悲哀的是，这封从日本国内以陆军最高级别密码发出来的电报甚至在抵达中村丰一手中之前就已经被中国破解了。在后世看来无比简单的加密算法，再结合浮空基地那跨时代的计算能力，况且还有“中国密室”这一个富有破解密码经验的团队，日军的那点小把戏可以说是对中国空军透明的。所以孙科早就知道了日本人的底牌，现在的谈判那就更是得心应手了。
孙科手下众人轮番上阵，对日本谈判组狂轰乱炸，提出的理由和条件简直千奇百怪，搞得日本人都快要崩溃了。几天后，急于从中国泥潭中撤出的日本终于在自己的底线达成了协议。由于中日双方都不愿意这个协议被曝光，于是双方以密约的形式签署了这份协定。
在50年后的解密文件中，公众才得以了解到这份密约，才知道当时为什么日军会突然地从华南和华东撤军，而转向了东南亚和南太平洋地区。
这份协议主要内容就是日军应在一个月的时间内从中国东部和南部沿海地区剩余的占领地撤退，日军可以携带军械和随身物品，但是不允许携带从中国掠劫的各种物资撤退。日侨可以跟随撤离，同样从中国以非法手段获取的钱财不能带走。但是这两条其实难以监督，所以日军还是带走了大量的战利品，这也是后来中日重新开战的由头之一。
作为交换，中国陆军承诺在一个月期间内不对日军发起进攻。而中国空军则承诺在此期间停止对日本本土和“满洲”的战略轰炸。其实这一个月的时间也使得接连作战的陆军和空军得到了宝贵的休息时间，使得前期的忙乱局面得到了改善，等到再次开战的时候，日本人会发现他们面对的是一个更加厉害的对手了。
对于伪军，孙科认为这些叛国者都需要在国内接受审查，所以他们并不在撤退之列。伪政府官员也是一样，不允许撤退到其他日军控制的区域。在这点上，日本人完全抛弃了他们一手扶植起来的政权，因为他们已经没有了利用价值。只有汪精卫等少数几人以治病的名义被运送到了日本本土，暂时逃脱了审查。
上海、杭州、福州、广州等地，运输船接起了一船船的日本士兵和侨民，这些人面色苍白、低头无语，不知道未来在何方。其实石原莞尔早就为他们做好了规划，这些在中国大陆鏖战了数年的精锐士兵及其家属全部被运送到了南太平洋地区，并入了南方军的作战序列。瓜岛、所罗门群岛上的日军防守更加严密了，连那个富饶的澳大利亚大陆都在南方军的“野望”之下。
从7月初到7月底，日军逐步撤离了那些从开战初就占领了的沿海城市。伪军和伪警察则慌忙地脱下制服、丢掉武器，逃到乡间以躲避未来的清算。就在城市开始陷入混乱的时候，中国军队开进了这些地方。华东和华南的大片土地，重新回到了国民政府的怀抱之中。
《中央日报》、《申报》等国民党的报纸，《新华日报》等共产党的报纸以及民盟控制的《大公报》等用了几乎全部的篇幅来描述这一盛事。在后方的民众则通过已经由空军经济管理局旗下的无线电制造企业普及了的收音机几乎实时地收听到一个一个城市被光复的消息。每天中国人都生活在兴奋之中，从而更加坚定了爱国之心。
日军的撤退在日本国内引起了轩然大波，但是在军政府所控制的舆论引导下，最终没有出现什么大事件，毕竟近几月大日本帝国在南太平洋捷报频传，而在中国大陆地区则是霉运不断。将资源投入到更有产出的领域显然是一个更好的选择，况且中国空军那恐怖的重型轰炸机不来光临日本本土，也让日本人感到欣慰了不少。
盟军则表示出了一定程度的担忧，因为明眼人肯定能看出，中日之间达成了某种默契，否则不可能配合得如此紧密。英国和美国担忧中日之间自行达成停战协定，不过蒋介石的回电让他们暂时打消了这种疑虑，所以援助还在源源不断地抵达仰光。
重新获得了华南和华东地区，中国甚至第一次掌握了沿海的港口，在美国训练的海军有望归来了。但是摆在国民政府面前还有很大的压力，黄河以北的大部分地区以及内蒙和东山省仍然在日军的占领下，还有台湾、海南岛等沿海的诸岛等待通过谈判或者军事的手段予以解决，所以路还长着呢。
在这种情况下，《大公报》刊登了报社社长亲自撰写的社论，号召国民戒骄戒躁、继续努力，争取早日实现祖国的完全光复。并且在最后对刚刚光复地区出现的两党的新斗争局面表示了十分的担忧。
