但是白崇禧此刻也不敢太放松，因为等到“郑成功”计划的第二阶段——占领全岛完成后，他们将面临世界第三的日本海军的挑战。日本海军拥有十多艘航空母舰和大量的水面舰艇，战列舰都有好多艘。他们已经连续挑战了美国和苏联这两个军事强国，而且都是以偷袭的方式打得对方找不到门牙。对于这样的对手，任何人都需要慎重面对，白崇禧也不例外。光复台湾易，但要在联合舰队的面前守住台湾则难。可以说从“郑成功”计划开始策划以来，至少有一多半的时间使用在研究如何对付日军联合舰队的反击上的。现在这些计划都拟定好了，而“郑成功”计划也在一步步往前顺利地展开，应急的准备也做好了，谋事在人成事在天，白崇禧只得放下心中的焦急而耐心地等待事态的发展。
中*队的突然袭击在日本引起了酣然大波，无论是政府、军方还是民间，都从来没有将中国政府的警告当作一回事，而中国政府真的做了。虽然现在由于电报不通无法收到消息，但是从基隆军港中逃出来的一艘驱逐舰还是将7月7日大轰炸的情况如实汇报给了大本营，从中大本营的参谋长、海相和陆相一致判断台湾军完了，没有军队能在那么大的场面下幸存下来。天皇立即命令封锁了这个消息，因为台湾军在日本本土有很多亲眷，这些人一旦闹起来可不好搞，再说了还有一些台湾本土的士兵在日军中服役呢，不能让这些人产生恐慌的情绪。
日本人已经在台湾经营了近50年，许多日本人已经将台湾视为日本的领土来看待，之前从中国大陆以及“满洲国”的撤兵还可以当作在殖民地的失败来看到，但是一旦“本土”遭到攻击和占领，这所有日本军人和平民都难以接受的一个结果。
况且台湾的地理位置对于日本人的来说至关重要。展开地图就可以发现，台湾和琉球群岛处于日本本土到菲律宾、马来亚、印尼以及澳大利亚的关键位置，日本海军的舰艇需要在台湾进行补给和休整。如果台湾失守，日本海军和日军南方军的船只就只能直接从琉球群岛航向菲律宾。而且台湾岛上起飞的陆基飞机还可以很容易攻击到这条航线上的船只。如果要避免陆基飞机的威胁，日军就只能选择另外一条航线，那就是通过马里亚纳群岛前往印尼群岛，而这条航线也逐渐变得不安全起来。美国人自从年初攻下马绍尔群岛后，美军的潜艇就不时光临这里，而且有证据表明马里亚纳群岛上的关岛、塞班岛等正是美军太平洋舰队下一个要进攻的地点。所以这样一来，台湾的军事地位就变得非常之重要。
海相屿田繁太郎在收到台湾受到攻击的消息后第一时间就找到了山本五十六，请他准备好一份联合舰队的作战计划，跟他一起面见天皇。
日本海军在台湾拥有十多个港口，它们都遭到了中国空军的猛烈轰炸。位于澎湖的马公港几乎完全被轰炸所摧毁，只有一艘武装渔船逃过了一劫，其他十多艘武装渔船和鱼雷快艇均沉入台湾海峡，两百多名水兵命陨于此。靠近台北的基隆港停泊了许多运输船，这些船只原本还继续航向澳大利亚，为在那里登陆的南方军运去补给，不料却遭到了轰炸。中国空军的b29投下了大量的炸弹和燃烧弹，使得基隆港几乎完全遭到了破坏，泄漏的燃油在海面上引燃了其他的船只，大火到现在都还没有熄灭，几十艘运输船一艘都没有跑出来，只有一些皮厚的军舰成功起航，在第二波轰炸机飞临之前逃到了外海。
相比起来，台南的高雄港和左营港在轰炸中受到的损失较小，这两个港口都是军港，停泊了一支分舰队在这里，计有两艘巡洋舰、四艘驱逐舰和一些小型的护卫艇。不过没等多长时间，空中飞来了一群从来没有见过的可以垂直起降的飞机，这些飞机首先用火箭弹和航炮将几艘军舰以及岸上在轰炸中幸存下来的军事设施一番，然后中国的士兵直接从那种垂直起降的飞机上下来，跟军舰上的水兵交起了火来。由于中国人的小飞机贴着地面出其不意地出现在分舰队的面前，舰艇上的防空炮和高射机枪根本没有发挥作用就玩完了。而空降下来手持m1冲锋枪的中国士兵很快就将只有少量三八式步枪和王八盒子的日本水平全部歼灭，于是这支分舰队就被俘获了。
屿田繁太郎和山本五十六都认为，台湾对于日本海军来说至关重要，没有了台湾，太平洋战争就有可能输掉，于是他们极力主张集中联合舰队的主力，一举夺回台湾。这不仅可以教训一下信心严重膨胀的中*队，而且可以赢回大日本帝国的面子。
这个计划得到了天皇的大力认可，日本陆军在中国大陆上输给中国人，在海上难道还要向中国人低头吗？况且要是打不过，跑也是可以跑得过的嘛。大日本帝国透支国力来打造的联合舰队此刻不出手更待何时！
于是得到授权的山本五十六迅速开始了作战准备。虽然他希望能集全力毕其功于一役，但是无奈海军需要守卫的面积太广，还得留住一部分兵力在珊瑚海和菲律宾海附近保护后勤运输线路，所以这次他可以调配的舰只包括：“瑞鹤”号、“翔鹤”号两艘重型航母外加4艘护航航母组成的航空舰队；“大和”号、“武藏”号两艘战列舰和十艘巡洋舰组成的主力舰队；二十艘驱逐舰、十艘运兵船和5艘潜艇组成的支援舰队。三天之内做好出击准备后，就在山本五十六的亲自带领下从日本本土出发，往台湾岛而来。台湾岛上的国防军将接受一次严峻的考验。
