吴兆有知道朝廷不愿与日本失和，要求增兵，无异备战，他不想在此事上碰一鼻子灰，又见袁世凯事事想出头，就道：“慰廷，你是营务处总办，不如就以你个人名义与陈总办一起上书就是。”
“那好，等我起草个底稿，找陈总办商议。”袁世凯几乎不假思索。
之后，袁世凯带着副营四哨人马进宫，驻在宣政殿的隔壁。宣政殿里的李熙依然有些手足无措，平时他已经习惯听从闵妃的意见，而此时闵妃流落民间，朝廷重臣惨遭屠戮，他痛失左右手，连个商议的臣子也没有，所以内政外交，事无巨细，几乎都要请袁世凯帮忙。袁世凯当仁不让，自从进宫后一手握笔，一手按剑，白天连吃饭的工夫也要处理政务，晚上则要到深夜才得安息。
第一件事是建起朝臣班子，沈舜泽、沈相薰、金允植、南廷哲以及左右营统领金钟吕、申泰熙等文武诸臣在政变中都反对开化党，及时传递消息，为平定政变立下功劳，因此都得重用。事大党在朝廷中的地位再次得以巩固。
第二件事便是将政变的经过定性、通报。李熙感激清军，但也不愿开罪日本，因此把责任全都推到金玉均等开化党的身上，不承认他曾经写过“日兵入卫”的手诏，日兵入宫护卫是受开化党的矫诏欺骗。中日冲突谁先开枪，此事极为关键，袁世凯坚持必须说清楚。国王想耍滑头，推说他被囚于熙政殿，实在无从得知。袁世凯建议向参与平乱的左右营将士求证，金钟吕、申泰熙及其部下都言之凿凿。《甲申变乱事实》很快定稿，印发给朝臣及各国公使。
第三件事便是派人出使日本。竹添回到日本，难免会歪曲事实，为自己辩护，袁世凯建议派穆麟德赴日本说明政变真相，以尽可能缓和中日朝关系。
第四件事是抚恤受难大臣及平乱中伤亡人员。袁世凯以为此事宜快不宜迟，但朝鲜户曹却拿不出银子来。袁世凯大笔一挥，从营务处挪借军饷五千两，并让人立即运进宫来，当天发至受难大臣及伤亡弁兵家属手中。
袁世凯名声大噪，受到抚恤的遗孤自不必说，就是汉城普通百姓也都视袁世凯为救国护王的恩公。有人在街道巷口立起写着袁世凯姓名的木牌，袁世凯轿子经过，汉城百姓观者如堵；夜间听说袁世凯出宫，沿街朝民自动张灯举火，为之前导，以至于一见火光烛天，汉城人便知道袁司马到了。
此时，闵妃也有了下落，她带着世子从宫中逃出，躲到汉城东北郊的觉心寺，因为弄不清宫中详情，不敢透露行迹。等探听清楚政变已经完全平定，她这才派人向国王报告。又像两年前一样，袁世凯亲自带人前往迎接。闵妃对袁世凯十分感激：“没想到还能再见到袁大人。”说罢眼泪直流。
“坤殿洪福齐天，吉人天相，自然是遇难呈祥。”
王妃回宫后，像国王一样，非常尊重袁世凯，袁世凯俨然是朝鲜的太上皇。朝鲜官员谋求官职，也都走袁世凯的门路。袁世凯本人也不禁有些飘飘然。这天他心机一动，想起当初张謇的朝鲜善后之策，其中有一策就是向朝鲜派出监国。如今自己的地位不就形如监国吗？这一地位如果能够合法稳固下来，于国于己岂不都是一件大好事？他雄心大起，给李鸿章写了封亲笔信，谋求监国之位。
