袁世凯赞同共和的电报也发到了参议院，李肇甫对袁世凯委婉表示不能南下就职十分体谅。而且当时主张定都北京的大有人在，比如大名鼎鼎的章太炎宣布了《致南京参议院论建都书》，提出建都北京的主张；同盟会的骨干宋教仁、江苏代理都督、安徽都督以及顺直谘议局等也纷纷通电，也主张定都北京；临时政府的实业总长张謇也是极力支持袁世凯，更是主张建都北京。结果在开议的时候，李肇甫首先发言：“我不同意定都南京。当初打算定都武昌，是因为革命军手中只有武昌；后来定都南京，是因为北京还在清军手中。如今清帝逊位，南北统一，理所当然定都北京。要说理由，只一座紫禁城就足够了。”
结果，二十八人投票，二十人赞同定都北京，五人主张定都南京，二人主张武昌，一人主张天津。如果定都北京，则袁世凯就无须南下就职，引虎出山的计划就完全落空。这个结果完全出乎孙中山的预料，因为参议院的全院委员同盟会员占多数，他无论如何没想到，自己的同志会这么多人投反对票。
听到这个结果，孙中山极为恼火，坚定支持他的黄兴更是怒不可遏，手插在裤袋里，在屋里急速踱步，一边走一边道：“他们怎么可以这样？这哪里还是自己的同志！”
当天晚上，孙中山、黄兴把李肇甫叫过来当面痛斥。李肇甫还要解释，孙中山制止他道：“伯申，定都之事哪能凭一座紫禁城就决定下来？我建议定都南京，是为了共和能够得以真正实行。定都北京，共和就有颠覆的危险！我的同志哥！”
李肇甫回道：“大总统，如果共和这么容易颠覆，那说明共和实在太过虚弱！我们应当有信心！”
黄兴怒斥道：“伯申，这里不是讲台，定都这样的大事也不是你神采飞扬发一通演讲那样随意。我告诉你，必须复议改过来！”
李肇甫驳斥道：“参议院是民意机关。这是民意。我们还要不要民意，还要不要民主？”
黄兴挥着手道：“共和被颠覆了，你还何谈民主、民意！我告诉你，明天你们不按孙先生的意愿行事，我立即派兵将议员们绑了出来！”
李肇甫也是颇有主见的人：“总长手里有兵不假，可你要真派兵把我们绑出来，那就是共和的大笑话，也是民主的大笑话！”
“克强，你先不要生气。今天晚上，必须连夜通知本会同志，明天复议必须把结果改过来。定都南京这件事，没得商量。”孙中山反过来劝黄兴，又望着李肇甫道，“伯申同志，我是以本会总理来要求你这个同志，而不是以大总统来要求你这个审议长。明不明白？”
“总理这样说，我愿接受。”
当天晚上，由同盟会庶务长黄兴出面主持会议，召集参议院中的同盟会员开会，开了半夜，统一思想。有些人勉强答应了，但并非心悦诚服。
第二天清晨，总统府秘书处秘书吴玉章拿着孙中山亲自拟就的复议咨文，准备加盖总统大印送往参议院。当天要举行南北统一大典，孙中山已率军政要员赴南京东郊的明孝陵谒陵去了。吴玉章拿着咨文急得直跺脚，这时黄兴穿着军装出来了，他厉声对吴玉章道：“我马上去东郊明孝陵，你告诉参议院，过了正午十二时，他们再不改过来，我立即调兵冲入参院强行通过。”
吴玉章连忙回道：“务请总长再延缓一下，我尽速办理。”
吴玉章再去报告总统府秘书长胡汉民，胡汉民惊道：“这事严重了，如果黄总长真带兵拿枪逼着通过，那可真成了大笑话。我不能去孝陵了，先把这件事办妥当。”
他命人拿来孙中山办公室抽屉的钥匙，取出了大印盖上，让吴玉章亲自把咨文送到参议院。
中午十一点多，孙中山、黄兴诸人谒陵后返回总统府。黄兴一进总统府，就问秘书长胡汉民：“展堂，复议结果出了吗？”
“已经出了。”
“怎么样，他们通过没通过？我已经调齐了人马。”
“哪里用得到人马，参议院经过复议，出席的二十七名参议员中，有十九人投票定都南京，六票主张定都北京，两票主张定都武昌。所以，首都仍然是南京，总长尽管放心好了。”
