一看上谕的语气，是盛宣怀一贯的刀笔。端方心里十分憎恨，却又无法拖延。朝廷同时还有旨意给湖广总督瑞澂，让他派兵给端方。端方再无辞拖延，9月9日午后1点，在三十二标一营护卫下乘船前往宜昌。一路上频繁与盛宣怀和载泽等电报往来，他意思仍然是不愿赴川，想留在宜昌专任路事；即使赴川亦不负剿办之责。这样又拖延了半月，盛宣怀再次借上谕强制端方，必须立即带兵入川。蜀道难，难于上青天。端方派出的人打探说，入川途中已经有会党武装要打埋伏，区区一营兵实在势单力孤，于是奏请湖北再增兵。瑞澂很痛快，立即派鄂军三十一标第一营、第二营由水路赴川。
端方带走鄂军三营，武昌兵力因之空虚。待机已久的革命党人，决定趁机发动起义。
湖北革命党人多，几乎是人所共知。究其原因，与张之洞治鄂大有关系。张之洞治鄂，在办新政、练新军、办教育方面可圈可点，尤其是向日本派赴留学生，可称为各直省之冠。然而，走出国门的留学生开阔了眼界，又加孙中山在日本的革命活动影响很大，结果不少留学生投入到孙中山麾下，加入了同盟会。他们回到国内，办报纸、出书籍、写时评，湖北、湖南革命思想因之活跃。尤其是湖北新军，都有一定文化程度，更容易接受革命党的影响。
武汉三镇位居腹心，九省通衢，在此发动起义容易引起各省响应。川、鄂、湘、赣、皖等籍的革命党人，在日本组织了共进会，谋划在长江流域发动起义。武昌人孙武被推举为共进会湖北盟主，回湖北策划起义。他以武昌俄租界宝善里为总机关，又在武汉三镇设十几处分机关，在学生绅商及新军中发展革命党，影响很大。
还有一个湖南人也来到武汉三镇，投身新军，发展革命党。他叫蒋翊武，湖南澧州人，他未曾出国，但与湘籍革命党人宋教仁、刘复基熟悉，加入了同盟会，后来又经人介绍投入湖北新军中。他认为发动新军起义比利用会党更有把握，因此成立了文学社，以研究文学为名在新军中发展革命党。他实行了严密的组织制度，在新军标、营、队中都设代表，负责发展社员。而且规定很严，凡要求入会者必须得有三人以上介绍，并须经严格考查。而且特别规定，只发展普通士兵，不准发动官佐。不到半年时间，发展社员两千余人。
两大革命组织，目标都是策动新军起义，有时候难免出现冲突的时候；而且双方组成人员有所不同，文学社主要是穷人出身的普通士兵，共进会以富家子弟和日本留学生为主，经历不同，阅历各异，不免互相轻视，弄得彼此不痛快。但好在两个负责人都是明白人，知道目的相同，不能搞窝里斗，早就有合并一起的意思。如今见端方带走了三个营，感觉起义的时机来临。于是文学社的蒋翊武和共进会的孙武商定尽快联合，共同行动。双方商定后派出代表泛舟东下，到上海去请宋教仁、谭人凤赴鄂主持大计，并设法邀请在香港的黄兴到武昌来。当时，宋教仁、谭人凤、陈其美等人在上海成立了同盟会中部总会，目标就是策划在长江流域尤其是武汉三镇发动起义。
派往上海的代表一时没有消息，但起义不能再拖。共进会和文学社的主要负责人在小朝街文学社总机关开会，确定八月十五也就是公历10月6日举行武装起义。会议同时确定蒋翊武任总指挥，孙武任总参谋长，并由蒋翊武负责制订了详细的起义计划。起义时计划以武昌城外南湖炮兵营鸣炮为号，各营同时起事。这个计划的重点在工程兵八营，该营驻扎在南门里，离楚望台军械库最近。军械库的守卫也是该营士兵，一旦举事，则由工八营负责，首先占领军械库。然后集中兵力攻打总督衙门和第八镇司令部。
