此时，大沽口外列强军舰云集，数国联军强行登陆，要乘火车进京。慈禧十分愤怒，下令召义和团进入京城，她希望洋人看到大清民意不可违，能够有所收敛。正如俗语所说，请神容易送神难！义和团涌进京城后随处设立拳场、神坛。开始时是一街一坛，或二三街一坛，后来则发展到一街三四坛，甚至五六坛。开始只有拳民供拜神坛，随后有钱人和平民也纷纷加入，上自王公百官，下至倡优隶卒，几乎无人不团，无地不团。并非没有明白人，并非人人都相信所谓神功，而是只有入了神团，才可免于丧失身家的危险。
局面其实已经失控。义和团大开杀戒，载漪的亲信都统庆恒一家十三口全被杀死，载漪也无法过问，其他大臣可想而知。就连宫中也成了义和团的天下，太监都入了神团，头扎红巾，练习神拳。大师兄在载漪的带领下进宫，竟然要抓“二毛子”皇帝光绪，因为光绪曾经主张变法学习洋人。义和团提出要斩一龙二虎，一龙即是光绪帝，二虎一是荣禄，二是李鸿章。荣禄吓得不敢再发声，李鸿章人在广州，义和团是鞭长莫及。荣禄给李鸿章、刘坤一等督抚发电说：“两宫、诸邸左右，半是拳会中人，满汉各营士卒亦大半如此，都内数万人，来去如蝗虫，万难收拾。虽然两宫圣明在上，恐难以扭转众人之心。老天造孽，夫复何言！”
慈禧开始有些慌神，为了约束义和团，命载漪、刚毅为统率义和团大臣，用兵法部勒，希望不致失控。同时，任命刚毅为总理衙门总管大臣，又让徐桐、崇绮等与军机大臣会商一切事宜，内政外交大权完全落入守旧大臣手中。九门提督崇礼被免职，庄亲王载勋接任，载漪之弟载澜奉命掌管虎神营，京城兵权自此全被守旧大臣接管。
义和团进城后，尚未对洋人动手。后来为了展示神功，在刚毅的率领下前去攻打西什库教堂，结果数万人的神团竟无法攻破数十人的防守，反而死伤惨重。走在前面的大师兄中弹倒下，后面的人便一哄而溃。败北者一拥而出西安门，头扎红布、现场督阵的刚毅站立不稳，用力抱住门柱得以免死。
义和团抬着大师兄的尸体回庄王府，攻打西什库教堂仍然不顺利，有人不免疑问，刀枪不入的神话眼看要破灭。于是神团又有解释：“此处教堂与别处不同，教堂内的墙壁上全是用人皮粘贴、人血涂抹的；又有无数妇人赤身露体，手执秽物站于墙头，又以孕妇剖腹钉于楼上。所以神团请神上身，行至楼前，被邪秽所冲，神即下法。等五台山上的大师兄一到，便可破洋人妖术。”
西四牌楼砖塔胡同口袋底粮台的义和团也参加攻打西什库，当天发布告示，要求京中居民配合：
告 示
各团诸位师兄今为西什库洋楼无法可（克）破，特请金刀圣母、梨山老母每日发疏三次大功即可告成。再者，每日家家夜晚挂红灯一个时辰。京城内可遍为传晓。
金刀圣母、梨山老母不知什么原因不肯帮忙，西什库教堂仍不能攻克。
6月20日，德国公使克林德在去总理衙门的路上被杀，义和团在继续攻打西什库教堂的同时，开始进攻东交民巷的使馆区。而这一天，联军已经攻占大沽，并开始进攻天津。
要不要对洋人开战，慈禧很犹豫，光绪以及部分大臣极力反对，慈禧连续召集三次御前会议不能定议。载漪之流私欲熏心，为了促使太后下定决心宣战，伪造了洋人要太后归政、光绪复位的电报。这是慈禧最不能容忍的，她下令斩杀了反对宣战的许景澄、袁昶、立山、联元、徐用仪五大臣。
