三是设课吏馆。袁世凯在年初就建议，朝廷在京师设课官院，各省分设课吏馆。山东候补正佐各员一千多人，山东课吏馆已经开课，分批培训，教授政治、洋务、财赋、河工等知识。袁世凯计划通过考试考核，奖优罚劣。特别优秀的，他将亲自传见考察，酌情委用。
四是设校士馆。朝廷已经下旨，明年开始，乡试、会试皆废八股，改试策论，兼试中外各学。但大量士子一直是在八股文上用功夫，对各国政治、艺学很少涉猎，就连中国政治、史学也不能贯通，转瞬应试，如何应付？所以袁世凯要求各府县都设校士馆，由省里统一赶印书籍教材，分发各属。举人、秀才都可以前往学习。这一举措令手足无措的士子们犹如抓住了一根救命稻草，颇获赞誉。
此时，两宫銮驾已经进了河南，少则一月多则两月必能到京，为了加强京畿治安，他上奏请派甘肃提督姜桂题率军三千北上，驻扎近郊。经八国联国一战，驻扎直隶的武卫军及淮练各军已经崩溃，只有袁世凯的武卫右军因随他调至山东躲过一劫，如今成了朝廷的唯一依赖。两宫回銮在即，但京师并不安定，袁世凯主动派兵，也是间接向慈禧献媚，慈禧曾对军机大臣王文韶道：“袁世凯行事，总是能赶在前头。”
北方冬天来得早，天气已十分寒冷，而随驾的官员家中大都遭到了抢掠。亲贵大臣有来钱的门路，不致受大难为，但下级官员则愁肠百结，不知入都后如何过冬。袁世凯打算捐银接济这些官员，这是讨好下级官员的好事，但如果让太后以为他有意收买人心，那就弄巧成拙了，所以他又专发一封电报请示荣禄。荣禄正在陪驾北上，请示他与请示太后无异，他也必定向太后密禀。荣禄回电，极力支持。袁世凯为了撇清收买人心的嫌疑，又与张之洞、刘坤一相商，两人也是慨然应允，结果三人筹了三万两银子派专差解往行在，专门发给五品以下的官员。此举广受好评，作为首事的袁世凯更是被人赞不绝口。
李鸿章与列国谈判期间，受尽屈辱和磨难，身体已经垮掉，签订条约前就开始吐血。更为严重的是，俄国人要在条约之外谋取在满洲的更大利益，以道胜银行的名义提出了旨在掌控满洲一切权力的合同，而当年李鸿章与俄国人签订《中俄密约》时，又收受俄国的贿赂，所谓拿人手短，吃人嘴软。俄国公使和道胜银行的代表连番凌逼，态度相当霸道，李鸿章因此病势加重。
李鸿章死后，谁出任天下督抚之首的直隶总督？中外都十分关注。外国人尤其关注，他们当然不愿裕禄、毓贤这类保守、顽固而又愚蠢的官员出任，几乎无一例外，最欣赏的是袁世凯。这个意见由德国公使在武昌向湖广总督张之洞转达，并希望他能将列国的意见奏知朝廷。久历封疆的张之洞如今要被只当了两年山东巡抚的后辈袁世凯超越，其心中的酸楚可想而知，但他不得不佩服袁世凯，其人之见识、胆略非比常人！他电告军机处：年来各国提督领事皆盼以袁世凯为北洋大臣。
1901年11月7日（光绪二十七年九月二十七日），李鸿章终于在俄国的凌逼下吐血而死。追随李鸿章大半生的老友兼下属周馥电禀朝廷：“大学士直隶总督李鸿章于本日午刻出缺。所有总督关防，敬谨封存。特电禀。”
接到电报时，两宫行驾正在河南荥阳，上自慈禧、光绪，下至随扈各员及宫监侍卫，无不相顾错愕，知道大清这座大厦已经失去了顶梁柱，即便曾经交章弹劾李鸿章的翰林清流也不能不为之扼腕。如何厚恤李鸿章，其实朝廷早有准备，当日下旨：“李鸿章着先行加恩，照大学士例赐恤，赏给陀罗经被，派恭亲王溥伟带领侍卫十员前往祭奠，予谥文忠，追赠太傅，晋封一等侯爵，入祀贤良祠……”
李鸿章之死固然引举国关注，最令人关注的则是他遗下的直隶总督兼北洋大臣之缺。与厚恤李鸿章的同时，朝廷还有一道上谕：
