北京形势危急，而眼前的山海关又如同一道不可逾越的障碍，再加上皇帝与太后连发两道班师命令，因此，多尔衮只得收拢残兵败将，分成前后两军迅速回师北京，幸好守卫山海关的明军并未追击，因此他才得以顺利回到北京。
多尔衮回到北京城后的第一件事，就是命令所有的汉人全部搬出城去，并将附近的满人全部召回城内，将他们按旗组织起来，发给武器，准备死守北京。
另一方面，多尔衮派出数股小部骑兵，骑上最快的马，连夜出城，绕道山西与直隶北部的群山，出关向留守赫图阿拉的将领求援，准备班师回救北京。
但这种求援的举动显然是徒劳的，因为不等他派出的信使抵达目的地，明军的大军就从南、西两个方向打了过来，奉命抵抗的清军连连败退，没几个回合，就全部龟缩进了北京城里，妄图依托高大坚固的城墙死守。
对于清军的这种惨败，多尔衮是有心理准备的，这是因为，首先，他明白清军的实力已经大不如前，不仅八旗精锐一点一点的被消耗掉，而且连那些新招募的绿营兵也不那么可靠了，在明朝细作的撺掇下，绿营兵要么大批大批的发生哗变，并投降明军，要么就敷衍上官，平时训练装模做样，前去捉拿明朝细作的时候，他们又睁只眼闭只眼，好为自己将来留条后路。
更让多尔衮心痛的是，明军的大规模侧面包抄战略彻底的断绝了满清的后援，在林清华的高压与怀柔的两种手段下，漠南蒙古已经不再是满清的盟友了，他们不仅联合起来将那些仍听命于满清的蒙古部落兼并，将那些与满清有姻亲关系的王爷杀掉，而且还掉转刀口，帮助明军攻击清军，在此次的战役中，蒙古的骑兵就起了很大作用，他们与明军骑兵部队一同封锁了北边的一些重要关隘，切断了清军北退的通道。
与上面三方面的因素相比较起来，双方在武器上的巨大差距就更是决定性的因素了。
虽然多尔衮在几年前就大力的加强了火器的生产，并大量装备绿营，但是，当他在两年前得到几只缴获的明军快枪的时候，他心中的必胜信念立刻就垮了，他无法相信明军的武器如此先进，虽然他曾鼓励并重金悬赏工匠仿造快枪，但是，仅仅有枪是不够的，没有相配套的子弹，仿造出来的快枪只不过是一堆废铁而已。
万般无奈之下，多尔衮只好再次将希望寄托在火绳枪与燧发枪上，希望绿营能够用这些武器抵挡一阵，然后再由清军骑兵侧翼冲击。
但他的这种战法在这次战役中彻底失败了，因为他吃惊的发现，双方的武器差距已经大到了不可思议的程度，而绿营兵的忠诚更是一个巨大的隐患，不少绿营部队往往不等明军开近，便战场倒戈，将监视自己的八旗军官杀死，并将枪口对准身后和阵形侧翼的八旗骑兵，在这种突如其来的打击下，不等明军发动进攻，八旗骑兵就先乱了，待明军攻到身边，那么立刻便全军崩溃。
也正因为绿营不再可靠，因此，在守城战中，多尔衮将绿营兵全部拉到了城外，去冲击明军战壕和阵地，在连续的三次大规模冲击结束之后，满清最后的三万绿营全部溃散，大部投降明军，小部被消灭在战壕前不到百丈的地方，剩下几千侥幸逃回城里的也被杀了祭旗，以震慑那些匆忙召集起来的八旗乌合之众。
明军围而不攻的行为暂时替多尔衮解了燃眉之急，因为那些八旗旗主和太后暂时不再催促他出城作战了，他们只希望明军围的时间再长一点儿，只要等到关外的援军到来，那么至少他们这些皇室贵族是有可能逃出关外去的。
所以，当城头上那些向明军肆意开炮轰击的清军大炮被明军大炮摧毁之后，整个城市马上变得异常的平静，除了城内那些伤兵们的哀号和那些愁眉苦脸的八旗丁壮们的唉声叹气之外，再也听不到别的什么动静了。
多尔衮开始并不清楚明军的意图，但很快明军就用火箭向城内射来了信，在信中，明军主帅林清华要求满清派出使者，他希望满清能够主动投降，免去一场不必要的浩劫。
